Sant'Agapito var pave under navnet Agapetus I i årene 535-536, han efterfulgte Pave Johannes II (533-535) og efterfulgtes selv af Pave Silverius (536-537).

Agapetus var romer, søn af præsten Gordianus/Giordano, som havde været tilhænger af Pave Symmachus (498-514) og var blevet dræbt i en af de blodige og voldsomme kampe, som hærgede Rom under skismaet ved århundredskiftet. Agapetus var af den magtfulde romerske slægt Anicii i familie med Pave Felix IV, som havde været pave få år tidligere (526-530) og med den senere Pave Gregor I (590-604). Slægten ejede blandt andet et hus på Monte Celio ved den antikke Clivus Scauri, den nuværende Clivo di Scauro, hvor Agapetus samlede et righoldigt og berømt bibliotek med religiøse skrifter.

Ved Pave Johannes II's død den 8.maj 535 var Agapetus ærkediakon og blev nu valgt som den næste pave og indsat den 13. maj.

Hans første handling var at sammenkalde et koncil, hvortil han fra Vatikanets arkiv medbragte den tidligere udstedte bandbulle mod Dioscorus og kastede denne på bålet for at vise, at Pave Bonifacius II's (530-532) ekskommunikation af Dioscorus var ugyldig.

Østgoteren Theodahad, som var blevet konge over Italien ved at gifte sig med Dronning Amalasunta, der førte en proromersk politik, lod hende nu myrde og dette gav Kejser Justinian i Constantinopel en god undskyldning for at sætte sin hær ind mod Italien for at genindtage magten der. Generalen Belisarius indtog i 535 Sicilien og var nu parat til at fortsætte felttoget op igennem selve den Italiske halvø. Kong Theodahad havde ikke selv styrker nok til at yde Belisarius militær modstand, så han befalede Pave Agapetus at rejse til Constantinopel for at stoppe Kejserens fremmarch ved forhandling.

Agapetus rejste modstræbende og han måtte selv udrede rejseudgifterne, så det var nødvendigt at pantsætte noget af Peterskirkens udsmykning til dette formål. I Constantinopel blev han hæderfuldt modtaget, men det lykkedes ham ikke at få Kejser Justinian til at opgive sine planer om at indtage Italien. Han havde mere held med sine religiøse forhandlinger, hvor han fik Kejseren til at udskifte Patriarchen Anthimos, som ellers stod under Kejserinde Theodora's beskyttelse men var hemmelig tilhænger af monofysitismen, med Menas, en munk af sikker ortodoks tro som Paven ordinerede i marts 536.

Herefter blev Agapetus imidlertid syg og han døde i Constantinopel den 22. april 536. Hans lig blev bragt til Rom, hvor Kong Theodahad i hast havde fået subdiakonen Silverius valgt til pave.

Agapetus I blev begravet i San Pietro den 20. september 536. Han er blevet helgenkåret som Sant'Agapito og fejres den 22. april.