I 1796 annoncerede den unge franske general Napoleon Bonaparte at han var rede til at drage mod Rom for at udfri romerne af deres lange slaveri under Kirken.

Herefter indtog den franske hær en række af Pavestatens byer: Ravenna, Ferrara og Bologna og Paven blev så forskrækket herover, at han gav ordre til en fredsforhandling.

En våbenhvile blev underskrevet i Bologna den 23. juni 1796. Den indeholdt en række hårde betingelser for Pavestaten, blandt andet skulle denne i løbet af 3 måneder betale en enorm pengesum til sejrherrerne, som også forlangte 100 kunstværker og 500 håndskrifter udleveret.

Den store pengesum var vanskelig at skaffe og Paven tømte Kirkens kasse samt inddrev penge fra romerne på mange forskellige måder, som tjente til at ophidse befolkningen. Men våbenhvilen faldt på det faktum, at Kirken nægtede at opfylde det franske krav om at Paven skulle tilbagekalde alle de dekreter, som var udstedt mod dem i forbindelse med Den Franske Revolution.

General Bonaparte erklærede derfor Pavestaten krig og i 1797 drog den franske hær hærgende gennem Norditalien. I februar forsøgte den pavelige General Colli at få udvirket endnu en våbenhvile og denne aftaltes i byen Tolentino i Le Marche den 19. februar 1797 med endnu skrappere franske krav end der tidligere var stillet. Dog frafaldt man ønsket om tilbagekaldelse af dekreterne.

Denne traktat, som var underskrevet af Napoleon på den Franske Republiks vegne og af Kardinal Mattei, Grev Braschi, Monsignore Caleppi og Grev Massimi på Pave Pius VI's vegne, kaldes også "Il Pace di Tolentino", "Fredsaftalen fra Tolentino".

Paven skulle nu betale 15 millioner af datidens lire oveni de 16 millioner, som var krævet i Bolognaaftalen. De mange kunstværker og håndskrifter skulle stadigvæk afgives og en del områder bortfaldt fra Pavestaten.

Napoleons broder Giuseppe (Joseph) Bonaparte ankom nu til Rom for at overvåge at traktatens krav blev overholdt og han tog ophold i Palazzo Corsini i Via della Lungara. Stedet blev hurtigt centrum for møder mellem italienske revolutionære og republikanere samt franske agenter, der arbejdede for den samme sag.

Den romerske befolkning havde svært ved at sluge den kraftige inddrivning af pengemidler til at dække franskmændenes krav og Paven var derfor nødt til at forstærke de bevæbnede patruljer i byen. Den 27. december kom det til et sammenstød mellem nogle sammenstimlede borgere og det endte med adskillige sårede. Dagen efter mødtes en gruppe romere i Trastevere og hujede "Viva la Repubblica! Viva la libertà!" ("Leve Republikken! Leve friheden!"), men straks stødte en deling pavelige soldater til og åbnede ild mod demonstranterne. 2 blev dræbt, mens de øvrige løb ned mod Palazzo Corsini for at søge hjælp hos franskmændene. Ved Porta Settimiana kom det til et nyt sammenstød, hvor den franske General Leonard Duphot, der var gæst hos Giuseppe Bonaparte, blev dræbt.

Dette var den lejlighed, som franskmændene havde ventet på, og Direktoratet befalede at Rom skulle besættes. General Louis-Alexandre Berthier drog nu mod Rom i spidsen for en fransk hær og den 9. februar 1798 besatte han Ponte Milvio og Monte Mario. Dagen efter måtte repræsentanter for Paven underskrive en overgivelseserklæring og en deling frankmænd indtog Castel Sant'Angelo. Den 11. februar var resten af Rom i franskmændenes hænder.