Filippo Neri blev født i Firenze i 1515 som søn af en notar. Han fik en god uddannelse og begyndte at arbejde hos en af faderens slægtninge. Han var vellidt af alle for sit venlige og muntre væsen, men følte ikke, at han havde fundet sin rette plads.

Filippo følte sig mere tiltrukket af Dominikaner-munkene i San Marco-Kirken i Firenze og af Benediktinerne i Monte Cassino-Klosteret og som 18-årig forlod han sin fødeby og drog til Rom, hvor han i de næste år ernærede sig som huslærer, mens han studerede filosofi og teologi.

I Rom var der ufatteligt mange fattige og mange børn og unge, som måtte klare sig selv som de bedst kunne. Filippo Neri fik medlidenhed med disse unge mennesker og følte efterhånden, at det var hans kald at hjælpe dem på den rette vej i tilværelsen. San Filippo mente, at den bedste måde at hjælpe de unge på var, at det skulle foregå i et muntert og venligt miljø. Han sørgede således for, at de kunne få mulighed for at lege ubekymret, men han underviste dem også og så til at de fik kundskaber i religionen.

For at kunne udføre dette hverv undså San Filippo sig ikke for at tigge på gaden for at samle penge ind til "sine børn".

Som 36-årig blev San Filippo Neri i 1551 præsteordineret og derpå startede han et broderskab, "L'Oratorio", hvor andre præster, der som han følte sig kaldet til at undervise de unge for på denne måde at bedre deres kår og fremtid, kunne mødes i et fællesskab uden en bestemt klosterregels bånd.

San Filippo Neri påtog sig dog også andre opgaver, han samlede en gruppe personer, som ydede de fattige og forladte hjælp og også hjalp pilgrimmene, der kom trætte og udmattede til byen, og syge og folk, der havde pleje behov. Han tilbragte mange timer i bøn, især om natten ved Catacombe di San Sebastiano, hvor han i 1544 oplevede en voldsom ekstase. Han stod for en ny slags religiøse møder, hvor musik og sang med religiøse tema'er var det bærende element. De unge præster, som deltog heri og blandt andet dannede koret, samlede han i 1575 i broderskabet "Congregazione dell'Oratorio" og han lod bygge en ny Kirke til deres brug, Chiesa Nuova ved Santa Maria in Vallicella, samt testamenterede en stor sum penge til opførelsen af et Kapel for sine følgere, "Filippinerne". Dette Oratorio dei Filippini ligger nu til venstre for Kirken.