Francesco Borgia (eller Francisco de Borja y de Aragon - eftersom familien var spansk) var oldebarn af Pave Alexander VI og Kong Ferdinand II af Aragonien og Castillien og egentlig ikke tiltænkt et liv i Kirkens tjeneste, da han blev født den 28. Oktober 1510 i Gandia som søn af Juan II, 3. Hertug af Gandia, og Juana de Aragon, datter af Alonso de Aragon og sønnedatter af Kong Ferdinand II.
Francesco var den ældste søn i en børneflok på 16. To af hans yngre brødre blev senere Kardinaler: Enrico Borgia og Rodrigo Borgia, mens broderen Alphonso Borgia blev Vicekonge af Catalonien og broderen Pedro Luis blev Vicekonge af Napoli. Selv var Francesco Vicekonge af Catalonien i perioden 1539-1543, hvor han som ældste søn arvede hertugtitlen efter sin far.
Francesco var altså fra fødslen tiltænkt et verdsligt liv som regent over hertugdømmet Gandia i Spanien og han blev derfor gift med en adelskvinde fra Portugal, Leonora de Castro, med hvem han fik 8 børn. Leonora døde imidlertid allerede i 1546 og efter dette fulgte Francesco sit religiøse kald og trådte i 1548 ind i Jesuiter-Ordenen, mens sønnen Carlos overtog styret og blev den 5. Hertug af Gandia.
Afgørende for denne beslutning var Francesco's tidligere møde med Jesuiterne Pietro Favre og San Pietro d'Alcantara og prædikanten Beato Giovanni d'Avila.
Herefter begyndte et helt andet liv for Francesco. I Oktober 1550 rejste han til Rom, hvor han blev præsteviet og en af Sant'Ignazio di Loyola's nære medarbejdere. Han donerede en stor sum penge til Collegio Romano, som idag hedder Università Gregoriana, og han overvågede udbredelsen af Jesuiter-Ordenen i Spanien.
