Pave Alexander VI, Rodrigo Borgia, havde fra tiden før han blev Pave flere børn. De kendteste er sønnerne Giovanni, Cesare og Goffredo og datteren Lucrezia, men der var en 10 stykker ialt. De fleste af disse børn blev godt gift og fik børn, der ligeledes blev godt gift og satte flere efterkommere i verden. Nedenfor ses en lille oversigt over nogle af disse.

Om moderen eller mødrene til de 3 børn Pedro-Luis, Girolama (Jerónima) og Isabella vides intet.

4 børn fik Rodrigo med sin mangeårige elskerinde Vanozza (eller Vananozza) Catanei: Cesare, Juan (Giovanni), Lucrezia og Jofré (Goffredo).

En datter fik han med den unge Giulia Farnese.

Desuden var der måske endnu 2 børn, Giovanni og Rodrigo, hvis mødre man ikke kender nærmere til.

Pedro-Luis Borgia (de Borja), søn af ukendt moder, var født i 1460, 1462 eller 1467 og blev legitimeret i 1481. Rodrigo, der nu var Kardinal, købte derpå i 1485 hertugdømmet Gandia i Spanien til sin søn af Kong Ferdinand af Aragonien. Pedro-Luis blev gift med den noget ældre Maria Enriquez de Luna, der var ud af en uægteskabelig gren af det spanske kongehus, men den unge mand døde ganske pludseligt i 1488. Hans hertugdømme gik i arv til den yngre halvbroder Juan (Giovanni). Pedro-Luis blev begravet i Rom, i Kirken Santa Maria del Popolo, men senere blev hans rester flyttet til byen Osuna ved Granada.

Girolama (Jerónima eller Jirolama) Borgia (de Borja), datter af ukendt moder, var født omkring år 1469 og blev gift i 1483 som kun 13-årig med Gianandrea Cesarini. Hun døde dog ganske kort tid efter i 1483.

Isabella Borgia, datter af ukendt moder, var født i 1470 eller 1471 og blev som sin søster gift allerede som 13-årig i 1484 med Pietro Giovanni Matuzzi. Kardinalen forærede det unge par et hus i nærheden af sit eget hus i Via dei Leutari og her kunne Isabella holde hof som en hvilken som helst adelig kvinde. Pietro døde tidligt og Isabella var allerede enke, da hendes far døde i 1503. I sit ægteskab med Pietro fik hun flere børn: døtrene Alessandra og Giulia og sønnerne Aurelio og Ippolito, der begge blev præster. I sin enkestand levede hun tilbagetrukket og døde først i 1541.

---------- Alessandra Matuzzi, datter af Isabella Borgia og Pietro Matuzzi.

---------- Giulia Matuzzi, datter af Isabella Borgia og Pietro Matuzzi, blev gift med Ciriaco Mattei og deres datter blev gift ind i familien Doria Pamphilj.

----------- Aurelio Matuzzi, søn af Isabella Borgia og Pietro Matuzzi, blev Kannik ved Peterskirken, men døde som 22-årig i 1504.

---------- Ippolito Matuzzi, søn af Isabella Borgia og Pietro Matuzzi.

Cesare Borgia, søn af Vannozza Catanei, var født omkring 1475 og blev først bestemt for en gejstlig karriere. Han blev Kardinal i 1493, udnævnt af sin fader, men senere løst fra denne stilling og kunne i 1499 gifte sig med Kongen af Navarra's søster, Charlotte d'Albret. Mens Cesare drog videre i krig, fødte Charlotte ham datteren Luisa Borgia. Efter Alexander VI's død gik det Cesare ilde og han døde i 1507. Cesare havde også 2 uægteskabelige børn: datteren Camilla og sønnen Girolamo. - Læs mere om Cesare Borgia.

----------- Camilla eller Lucrezia Borgia, datter af Cesare Borgia og ukendt moder, voksede fra 1505 op hos sin faster Lucrezia i Ferrara og kom senere i Kloster, hvor hun blev Abbedisse og berømmet for sin fromhed.

----------- Girolamo Borgia, søn af Cesare Borgia og ukendt moder, levede i Ferrara og blev gift første gang med Isabella Pizzabernani og anden gang med Isabella di Carpi. Han blev fader til døtrene Ippolita og Lucrezia og døde omkring 1501.

----------- Luisa Borgia, datter af Cesare Borgia og Charlotte d'Albret, blev født i 1500 og voksede op hos sin moder og blev senere gift 2 gange. Første gang i 1517 med Louis II de La Tremoille, der døde i 1525, og anden gang i 1530 med Philippe de Bourbon, med hvem hun fik 6 børn. Fra dette ægtepar nedstammer Greverne af Bourbon-Busset. Luisa døde i 1553.

Juan (Giovanni) Borgia (de Borja), søn af Vannozza Catanei, var født i 1476 (eller 1474 ifølge nogle) og bestemt for at danne et nyt dynasti. Han blev som ung sendt til det spanske hof hos Kong Ferdinand og Dronning Isabella og efter halvbroderen Pedro-Luis' død i 1488 blev Juan indsat som den 2. Hertug af Gandia og i 1493 blev han ovenikøbet gift med broderens enke Maria Enriquez de Luna, der altså var en del ældre end den kun 16-17årige brudgom. Trods det fik ægteparret 2 børn. Juan boede nu fast i Gandia, men holdt sig i kontakt med sin fader gennem konstant brevveksling. Nogle år efter at Rodrigo Borgia i 1492 var blevet Pave Alexander VI, havde han imidlertid nye planer med sin yndlingssøn og i 1496 kaldte han Juan hjem til Rom. Allerede året efter led Juan en tragisk død, han blev myrdet den 14. Juni 1497 og liget fandtes dagen efter i Tiberen. Rygtet ville, at det var hans bror Cesare, som havde myrdet ham i jalousi over faderens favorisering, men familien - og også Juan selv - havde mange fjender, der ligesåvel kunne have skylden. Juan blev begravet i Kirken Santa Maria del Popolo. Fra Juan og Maria Enriquez nedstammer Hertugerne af Gandia. - Læs mere om Juan (Giovanni) Borgia.

----------- Juan II, søn af Juan (Giovanni) Borgia og Maria Enriquez, var født i 1494 og han blev efter sin faders død den 3. Greve af Gandia, samt Greve af Sessa og Benevento, Prins af Pontecorvo i 1497, Stormarskal for Kongeriget Napoli, Pavelig Legat for Kirkens Skatkammer og General-Kaptajn for den Pavelige Hær. I 1509 blev Juan II gift med Juana d'Aragona, der døde i 1521, og derpå med Francisca de Castro y de Pinos, og fader til mindst 16 børn, heriblandt den senere helgen Francesco Borgia og 2 Kardinaler, Enrico Borgia og Rodrigo Borgia, samt Vicekongerne Alfonso og Pedro Luis. Juan II døde i 1543.

---------------------- Francesco (Francisco) Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, var født i 1510 og blev i 1529 gift med Leonor de Castro, en adelskvinde fra Portugal. De fik sammen 8 børn, inden Leonor døde i 1546. Da var Francesco efter faderens død i 1543 blevet den 4. Greve af Gandia, men han valgte nu at følge sit religiøse kald og overlade styret og titlen til sønnen Carlos. Francesco trådte ind i Jesuiter-Ordenen og blev senere Ordens-General . Han døde i 1572 og blev helgenkåret i 1671. Nogle af Francesco Borgia's olde- og tipoldebørn blev også Kardinaler: oldebarnet Gaspard (Gaspar) de Borja y de Velasco (1580-1645) og tipoldebørnene Francisco Antonio de Borja-Centelles y Ponce de León (1659-1702) og Carlos de Borja-Centelles y Ponce de León (1663-1733). - Læs mere om San Francesco Borgia.

--------------------------------- Carlos Borgia, søn af Francesco Borgia og Leonor de Castro, født 1530, blev 5. Greve af Gandia, da hans fader abdicerede efter moderens død. Carlos døde i 1592. Slægten fortsatte som Grever af Gandia indtil den uddøde med den 11. Greve Ignacio i 1740.

---------------------- Alfonso Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, født ca. 1511, blev Abbed i Santa Maria de Valldigna og senere Vicekonge af Catalonien. Han døde på et tidspunkt mellem 1531 og 1538.

---------------------- Enrico Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, født i 1518, blev senere Kardinal og døde i 1540.

---------------------- Jeronimo Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, døde efter 1528.

---------------------- Rodrigo Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, blev senere Kardinal. Han døde i 1537.

---------------------- Pedro Luis Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, blev senere Vicekonge af Napoli eller Catalonien. Han var født i 1528 og blev gift i 1558 med Leonor Manuel med hvem han fik sønnen Juan (1560-1588). Derudover havde en en uægteskabelig søn ved navn Pedro Luis de Borja (1588-?).

---------------------- Diego Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, født 1529, blev præst og fik 3 uægteskabelige børn: Diego, der senere blev Biskop, Juana, der blev Abbedisse, og Francisca, der blev gift med Pedro de Rojas y Ladron. Diego døde i 1554.

---------------------- Tomas Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, født 1541, blev Ærkebiskop i Saragosa. Han døde i 1610.

---------------------- Felipe Manuel Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, døde i 1587. Han var far til den uægteskabelige søn Felipe.

---------------------- Maria Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, født i 1513, blev nonne i Santa Clara-Klosteret i Gandia.

---------------------- Ana Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, blev nonne i Santa Clara-Klosteret i Gandia. Hun døde i 1568.

---------------------- Juan Cristobal de Borja, uægteskabelig søn af Juan II Borgia, var født i 1516 og blev gift i 1545 med Ana de Ribelles Montagud og senere med Magdalena Munoz. Han var far til sønnen Pedro Borja, der blev Regent i Napoli og gift med Isabel de Hijar y Borja.

---------------------- Isabel Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, blev nonne i Santa Clara-Klosteret i Gandia. Hun døde i 1568.

---------------------- Luisa Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, født i 1520, blev gift i 1541 med Martin de Aragon y de Guerra og døde i Zaragosa i 1560.

---------------------- Maria Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Juana d'Aragona, blev nonne i Santa Clara-Klosteret i Gandia og døde efter 1569.

---------------------- Leonor Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Francisca de Castro y de Pinos, født i 1534, blev gift med Miguel de Gurrea y Moncada i 1558. Leonor døde ca. 1596.

---------------------- Ana Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Francisca de Castro y de Pinos, født 1535, blev nonne i Santa Clara-Klosteret i Gandia. Hun døde i 1601.

---------------------- Magdalena Clara Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Francisca de Castro y de Pinos, blev født ca. 1536 og gift med Fernando de Proxita.

---------------------- Margarita Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Francisca de Castro y de Pinos, blev født i 1538 og gift i 1558 med Fadrique de Noronha. Hun døde i 1573.

---------------------- Juana Borgia (de Borja), søn af Juan II Borgia og Francisca de Castro y de Pinos, døde som barn.

----------- Isabel Borgia, datter af Juan (Giovanni) Borgia og Maria Enriquez, var født i 1495 og blev senere Abbedisse i Klarisser-Klosteret i Gandia. Hun døde i 1557.

Lucrezia Borgia, datter af Vannozza Catanei, var født i 1480 og sin faders yndling. Hun var en yndig lille pige og blev forgudet af alle, også sine brødre. Onde tunger talte om incest med flere familiemedlemmer. Det var sikkert kun rygter, men har præget Borgia-familiens omdømme siden. Til trods for at han elskede sin datter højt, undlod Alexander VI ikke at bruge hende som en brik i sine politiske intriger og lod hende indgå ægteskaber og opnå skilsmisser efter de til enhver tid for ham mest gunstige forhold. Lucrezia blev første gang forlovet med Don Gasparo fra Valencia i 1491, det var mens hendes fader endnu var Kardinal og Gapsparo var derfor et godt parti. I April 1492 blev de unge gift og skulle nu rejse til Spanien. Men den 26. August blev Rodrigo Borgia Pave Alexander VI og havde derfor muligheder for at finde sig en endnu bedre svigersøn.

Ægteskabsløftet blev ophævet og den 23. April 1493 blev Lucrezia forlovet for den 12. Juni at blive gift med Greven af Cotignola og Pesaro, Giovanni Sforza, der installerede sin unge brud i sit palæ ved Kirken Santa Maria del Portico i nærheden af Peterskirken, hvor hun kunne holde hof og være tæt på sin elskede fader. Selv vendte ægtemanden snart tilbage til Pesaro. Så forandrede den politiske situation sig igen og Giovanni Sforza var ikke mere ønskværdig som svigersøn, ægteskabet opløstes. Grunden var brudgommens impotens, i hvert fald på papiret og Lucrezia var da heller ikke blevet gravid.

Den 21. Juli 1498 blev pavedatteren gift igen, denne gang med Hertugen af Bisceglie, Alfonso d'Aragona, uægteskabelig søn af Kong Alfonso II af Napoli. Og den 8. August 1499 forlod ægteparret Rom. Denne gang blev Lucrezia gravid og den 1. November 1499 fødte hun sønnen Rodrigo. Men allerede året efter havde den politiske situation ændret sig og en alliance med Napoli var ikke længere så ønskværdig for Paven. "Heldigvis" fik attentatmænd (Cesare's håndgangne mænd) efter et fejlslagent forsøg omsider dræbt Alfonso og Lucrezia kunne atter bruges til at knytte en alliance mellem Paven og en ny vigtig samarbejdspartner, denne gang hertugdømmet Ferrara.

Den 30. December 1501 blev Lucrezia gift med hertugens ældste søn Alfonso d'Este og slog sig herefter ned i Ferrara, hvor hun fødte Alfonso flere børn. - Læs mere om Lucrezia Borgia.

----------- Rodrigo d'Aragona, søn af Lucrezia Borgia og Alfonso d'Aragona, født 1. November 1499, død som 12-årig i Syditalien, hvor han levede.

----------- Enrico eller Ercole II d'Este, søn af Lucrezia Borgia og Alfonso d'Este, var født i 1508 arvede Hertugdømmet Ferrara og blev gift med Renata (Renée) af Frankrig, en datter af Ludvig XII. Ægteparret fik datteren Anna d'Este. Ercole II døde i 1559.

---------------------- Anna d'Este, datter af Ercole II d'Este og Renata af Frankrig, blev gift første gang med Greven af Guise, Francois, og anden gang med Greven af Nemours, Giacomo af Savoya. Fra disse ægteskaber nedstammer Greverne af Guise, Greverne af Mantova, Konger i Italien, Portugal, Spanien og Frankrig, samt Kejsere i Det Hellige Romerske Kejserdømme. Anna døde i 1607.

--------------------------------- Carlo, søn af Anna d'Este og Francois, Greve af Guise, blev Greve af Mayenne og far til datteren Caterina.

---------------------------------------------- Caterina de Guise, datter af Carlo de Guise, blev gift med Carlo I Gonzaga, Greve af Nevers, og moder til sønnen Carlo og datteren Anna. Caterina døde i 1618.

-------------------------------------------------------- Carlo Gonzaga, søn af Caterina de Guise og Carlo I Gonzaga, blev født i 1609 og døde i 1631. Hans datter Eleonora Gonzaga blev gift med Kejser Ferdinand III og deres datter Eleonora blev gift med Charles IV, Greve af Lorraine. Deres søn Leopold Joseph, der døde i 1729, var fader til Kejser Frantz I, der blev gift med Maria Theresa af Østrig, Habsburgernes arving, og bedstefader til Kejser Leopold II og så fremdeles.

-------------------------------------------------------- Anna Gonzaga, datter af Caterina de Guise og Carlo I Gonzaga, blev gift med Edward, barnebarn af Kong Jacob I af England og moder til datteren Anne. Hendes børne- og oldebørn giftede sig ind i Conti-familien og Orleans-familien, hvorfra Kong Louis-Philippe af Frankrig stammer.

--------------------------------- Enrico I, søn af Anna d'Este og Giacomo af Savoia, Greven af Nemours, blev født i 1572 og døde i 1632. Fra denne familie stammer Savoyens Kongehus, der senere kom til at regere det nye, samlede Kongerige Italien.

----------- Ippolito d'Este, søn af Lucrezia Borgia og Alfonso d'Este, blev præsteviet som 10-årig og Biskop i Milano efter sin onkel Kardinal Ippolito d'Este. I 1538 blev han selv Kardinal. Ippolito blev far til datteren Renata.

----------------------- Renata, uægteskabelig datter af Kardinal Ippolito d'Este og ukendt moder, blev gift med Ludovico Pico della Mirandola og moder til datteren Ippolita.

---------------------------------- Ippolita, datter af Renata d'Este og Ludovico Pico della Mirandola, blev gift med Alfonso Piccolomini, Greve af Montemarciano og i familie med Paverne Pius II og Pius III.

----------- Francesco d'Este, søn af Lucrezia Borgia og Alfonso d'Este, blev far til den uægteskabelige datter Marfisa d'Este. Francesco døde i 1578

----------------------- Marfisa d'Este, uægteskabelig datter af Francesco d'Este og ukendt moder, blev gift med Alderano Cibo af Massa.

----------- Eleonora d'Este, datter af Lucrezia Borgia og Alfonso d'Este, var født i 1515 og blev Abbedisse i Ferrara i Klosteret Corpus Christi.

Jofré (Goffredo) Borgia, søn af Vannozza Catanei, blev født i 1482 og allerede forlovet som 12-årig med Sancia af Aragonien, en uægteskabelig datter af Kong Alfons II af Napoli og søster til Lucrezia' ægtemand nr.3, Alfonso d'Aragona. Jofré fik efter ægteskabet, der fandt sted i 1494, titlen Hertug af Squillace. Det unge par levede nogle år i Rom, men efter Alexander VI's død rejste de i 1504 til Napoli, hvor Sancia kort efter døde. Jofré giftede sig derpå med sin slægtning Maria de Mila, med hvem han fik flere børn. Jofré døde i 1517 i Squillace. - Læs mere om Jofré (Goffredo) Borgia.

----------- Francesco Borgia, Prins af Squillace, søn af Jofré (Goffredo) Borgia og Maria de Mila, blev gift første gang med Isabella Piccolomini og anden gang med Isabella Milano d'Aragona. Han blev far til sønnen Gianbattista.

------------------------ Gianbattista Borgia, søn af Francesco Borgia, blev Prins af Squillace og gift med Leonora Marulli og far til sønnen Pietro Borgia d'Aragona.

--------------------------------- Pietro Borgia d'Aragona, søn af Gianbattista Borgia og Leonora Marulli, blev Prins af Squillace og gift 3 gange, med Isabella Pignatelli, Leonora Carafa og Lucrecia de Cardenas y Carafa. Han blev fader til flere børn og døde ca. 1624.

------------------------------------------ Anna Borgia d'Aragona, datter af Pietro Borgia d'Aragona, blev gift i 1602 med Francisco de Borja, Greve af Mayalde. Hun døde i 1644.

------------------------------------------ Giovanna Borgia d'Aragona, datter af Pietro Borgia d'Aragona, blev gift med Michele Antonio Orsini, men døde allerede omkring 1612.

------------------------ Antonia Borgia, datter af Francesco Borgia, blev gift med Antonio Piccolomini, der var i familie med Paverne Pius II og Pius III.

----------- Lucrezia Borgia, datter af Jofré (Goffredo) Borgia og Maria de Mila, blev gift i 1525 med Giovanni Carafa. Hun døde ca. 1576.

----------- Marina Borgia, datter af Jofré (Goffredo) Borgia og Maria de Mila, blev gift med Michele de Ayerbe de Aragon.

Laura Borgia, datter af Giulia Farnese, var født i 1492 og blev efter faderens død i 1503 gift i November 1505 med Niccoló della Rovere, en nevø til Pave Julius II. I dette ægteskab fødtes 2 døtre, Lavinia og Elena, og sønnen Giuliano. Laura opregnes nogle gange under Orsini-familien, i hvilken hendes moder var indgiftet.

Giovanni Borgia, søn af ukendt moder, var født i 1498 og kaldtes af sin fader "Infans Romanus" ("det romerske barn") og rygterne gik, at han var barn af Lucrezia med en tjener eller måske frugten af et incestuøst forhold til hendes fader. Moderen har dog sandsynligvis været en tjenestepige i Pavens husholdning eller ifølge nogle Giulia Farnese, selvom hendes forhold til Alexander ellers ansås for afsluttet på dette tidspunkt. Giovanni levede en tid i Ferrara og derpå ved den franske hof. I 1530 fik han en højere stilling ved den romerske Kurie, indtil han døde i Genova i 1547.

Rodrigo Borgia, søn af ukendt moder, var født i 1503 kun få uger før faderens død. Drengen levede nogle år hos Lucrezia i Ferrara og en tid sammen med (halv)broderen Giovanni. Han endte med at blive præst og døde i 1527 i Klosteret Cicciano di Nola i Syditalien.