Klosteret ved Kirken San Bernardino ai Monti i Via Panisperna blev sammen med Kirken bygget for nonnerne af Franciskaner-Ordenen's underafdeling "Terzo Ordine Regolare" ("Le Terziarie Francescane"), da disse i 1597 blev flyttet fra deres tidligere kirke San Bernardino al Foro Traiano.

De nye bygninger blev indviet i 1625 og Klosteret blev senere udvidet flere gange. Første gang dette skete var i 1669, da nonneklosteret ved Kirken Santa Croce a Montecitorio blev nedlagt og nonnerne derfra flyttede ned til nonnerne i Klosteret ved San Bernardino. De tilflyttede nonner medbragte blandt andet 2 malerier fra deres gamle kirke, som nu fik plads over de 2 sidedøre i San Bernardino.

Le Terziarie Francescane var en af de fattigste nonneordener og i Klosterets arkiv kan man se mange vidnesbyrd om, hvorledes de havde problemer med at få økonomien til at hænge sammen til trods for at de flere gange modtog gaver og arvede pengebeløb fra velyndere og familier i kvarteret, hvor de kendte familier Attavanti, Caroli og Iacobelli boede.

Klosteret modtog nonner fra næsten alle byens stænder og også adelige piger. Novicerne medbragte en "medgift", når de trådte ind i Ordenen og de betalte for kosten og de, der havde råd til det, havde mulighed for at betale for at have en hjælper. De kunne også betale en ekstra sum for at få deres eget værelse eller et værelse til deling med en anden nonne.

Til trods for disse lettelser for enkelte af nonnerne, var livet i Klosteret dog meget enkelt og spartansk, men nonnerne kompenserede ved at dyrke musik og de udvidede det musikalske islæt ved messerne og højtiderne i Kirken.

Til at dække Klosterets udgifter fik nonnerne tilladelse til at åbne et apotek, hvor de solgte medicin sammen bolscher, kager og hjemmevævet stof. Desuden undersviste de unge piger mod betaling og modtog afkast af de arvede ejendomme. Alligevel var der aldrig penge nok og hverken Kirken eller Klosteret blev ordentligt vedligeholdt, men gik langsomt i forfald.