Ved denne lejlighed blev kirkegulvet hævet 4 meter, således at det meste af den tidligere kirke blev skjult under den ombyggede kirke. Samtidig fik kirken en ny facade og en ny indre maleriudsmykning. En "ny" kirke var opstået.

Under Pave Urban VIII (1623-1644) restaureredes kirken atter og den blev forsynet med nye altermalerier, blandt andre et af Giovanni Battista Speranza forestillende "Santa Maria Jacobi con i figli".

I 1716 blev kirken alvorligt skadet af en ildebrand. Da Domenikanermunkene derpå i 1722 fik overdraget kirken, påbegyndte de en ny restaurering og genopbygning for at råde bod på skaderne. Arbejderne startede i 1728 og varede til 1734, hvor det nye indre blev genindviet.

Facaden tilskrives idag Filippo Raguzzini, der skal have færdiggjort den i 1735. Nogle forskere mener dog, at den bør tilskrives Gabriele Valvassori, der i årene 1750-1753 stod for byggeriet af det tilstødende Kloster, som ligger på kirkens højre side ud til Via della Madonna dei Monti, hvor man kan se en smuk portal fra Valvassori's hånd.

Domenikanermunkene passede kirken indtil 1921, hvorefter den blev passet af nogle lokale præster. Fra 1951 passes kirken af munke af ordenen "Terz'Ordine Regolare di San Francesco" ("TOR").