I 1400-1500-tallet overtog den albanske menighed i Rom den gamle kirke Santa Maria de Puteo Probae, som menes at have ligget i området omkring nutidens gadekryds Via Panisperna, Via dei Serpenti.

De nye ejere viede kirken til Santa Anna og den fik derved sit nye navn Sant'Anna degli Albanesi. Albanien kom i 1479 under tyrkisk herredømme og albanske flygtninge var talrige i Rom allerede fra 1416, hvor også den albanske frihedshelt Giorgio Castriota Scanderbeg boede i Rom.

Allerede på et tidligt tidspunkt i 1400-tallet nævner kilderne et hospital for albanske flygtning tilknyttet Kirken Santi Sergio e Bacco, der ligger ved nutidens Piazza della Madonna dei Monti lidt syd for det sted, hvor man mener at Kirken Santa Maria de Puteo Probae lå. Også denne kirke omtales i forbindelse med et herberg for albanere.

I slutningen af 1500-tallet var kirken faldefærdig; den nævnes da i et kirkekatalog fra Pave Pius V's tid (1566-1572) som tilhørende den albanske menighed, som passede den sammen med et tilbygget hospital. Senere fik den så navnet Sant'Anna degli Albanesi og benævnes således i 1587 og fremefter.

Litteratur om Sant'Anna degli Albanesi:
Delli, Sergio: Le strade di Roma. Newton Compton editori, 1975.
- side 728.
Lombardi, Ferruccio: Roma - le chiese scomparse. Fratelli Palombi Editori, 2.ed. 1998.
- side 91.