Men børnenes opdragelse blev lagt i hænderne på Kardinalens niece Adriana Mila, som var gift med Ludovico Orsini og boede i Orsini-familiens palæ på Monte Giordano, hvor sønnerne voksede op.

Fra barnsben blev Cesare opdraget med sin kirkelige karriere for øje og han blev undervist af de bedste lærere, den lærde Spannolio di Maiorca underviste ham blandt andet i latin og historie, teologi og kirkeret.

I 1482 blev han som kun 7-årig udnævnt til "protonotar" af Pave Sixtus IV og derefter blev han præst ved Kathedralen i Valencia, ærkediakon af Jativa og guvernør af Gandia.

I 1489 blev han sammen med sin nye lærer Giovanni Vera d'Arcilla indskrevet ved Universitetet i Perugia for at studere jura. Her tilbragte han 2 år med jagtselskaber, rideture og selskabelighed, inden han drog videre til Universitetet i Pisa, denne gang udnævnt til Biskop af Pamplona.

Disse embeder indbragte Cesare en pæn indtægt, men han havde også store udgifter, da han ligesom sin fader elskede selskabelighed, smukke ting og smukke kvinder. Han ansås for en smuk mand fuld af charme og kvinderne faldt for hans fødder. Han var også meget stærk, udholdende og modig. Intelligent var han også og som 16/17-årig afsluttede han sine studier med en eksamen i både privat- og kirkeret.

I 1492 blev Kardinal Rodrigo valgt til Pave Alexander VI og Cesare vendte tilbage til Rom. Her slog han sig ned i Palazzo di San Clemente, som lå halvvejs mellem Vatikanet og Castel Sant'Angelo og fortsatte med sine fantastiske fester og sit frie liv. Desværre følte han sig overhovedet ikke kaldet til den kirkelige karriere, som hans fader havde bestemt ham til, og han gik kun sjældent klædt som Kardinal, ligesom hans livsførsel ikke var som en kirkens mand, men på den tid forargede det ikke ret mange i Italien.

Kun få dage efter sin pavekroning udnævnte Alexander VI Cesare til Biskop af Valencia og den 20.november 1493 udnævnte han ham til kardinal som knap 18-årig.

I 1492 ønskede den franske Kong Charles VIII at drage til Napoli for at overtage sin arv der, men Alexander VI var imod dette og forsøgte at lave en aftale med Maximilian af Habsburg samt med Milano, Venedig og Firenze, men uden held da hans modstandere i Rom på samme tid støttede den franske konge. Paven lod Castel Sant'Angelo befæste under ledelse af arkitekten Giuliano da Sangallo, mens Colonna-familien forhandlede med franskmændene om at åbne byens porte og i 1494 drog Charles VIII ind i Rom.

Alexander VI rejste nu for en tid ud af Rom, men siden kom det til en aftale med den franske konge, hvorved Alexander atter fik Castel Sant'Angelo tilbage og Cesare til gengæld som gesandt (men snarere som gidsel) i januar 1495 fulgte med den franske hær, der fortsatte mod Napoli, og senere igen drog nordpå, hvor slaget ved Fornovo satte en stopper for kongens videre fremmarch i Italien.

Paven kunne nu fortsætte med at udvide familiens magt og indflydelse og d.16.juli 1495 udnvænte han Cesare til Generalguvernør over Orvieto.

Der dukkede dog snart sorte skyer op over idyllen, i juni 1497 blev Cesare's ældste broder Giovanni myrdet af ukendte gerningsmænd efter en middag i moderens hjem på Colle Oppio og rygterne i byen udpegede Cesare som brodermorder. Deres fader, Paven, var knust af sorg, men afblæste alligevel eftersøgningerne efter morderen og lod til almindelig forbløffelse sagen falde. Rygtet ville vide, at det var fordi han havde fået bekræftet, at Cesare var den skyldige.

D. 22.juli samme år drog Cesare til Napoli for at deltage i festlighederne ved Kong Federico's kroning og nu var tidspunktet efterhånden kommet, hvor han kunne undslippe sin kirkelige skæbne. med broderen Giovanni's død manglede familien et kommende overhoved og Cesare blev derfor løst for sine kirkelige løfter og blev få dage efter af den franske konge Louis XII udnævnt til Greve af Valentinois. Herfra stammer hans tilnavn "Il Valentino".

Den 12.maj 1499 blev Cesare gift med den franske prinsesse Charlotte d'Albert, søster til Kongen af Navarra.

Den franske konge havde givet tilladelse til at Cesare udvidede familiens området i Italien og Cesare begyndte nu på en række erobringstogter for at danne sit eget hertugdømme i Romagna. Den 24. november besejrede han Imola og den 17. december belejrede han Forlì, som overgav sig den 12. januar 1500. Den 26. februar blev Cesare modtaget som triumfator i Rom og den 9. marts blev han udnævnt til Guvernør over Romagna.

Den 15.juli 1500 blev Cesare's svoger, Alfonso di Bisceglie gift med søsteren Lucrezia, angrebet og livsfarligt såret af ukendte gerningsmænd, og da han alligevel kom sig, blev han myrdet i sin seng i Vatikanet den 18. august. Endnu engang udpegede rygterne Cesare som morder og sagen blev da også hurtigt henlagt uden at gerningsmanden var fundet.

Og Cesare genoptog sine erobringstogter i Romagna, d.10.oktober overgav Pandolfo Malatesta Rimini til ham og den 25. april overgav Faenza sig. I maj kunne Cesare udråbes til Hertug af Romagna med eget hertugdømme.

I August 1503 døde Pave Alexander VI. På grund af det varme og fugtige vejr måtte begravelsen fremskyndes og af angst for at romerne skulle tage "hævn" over den forhadte pave, blev liget hurtigt flyttet til San Pietro og begravet bag højalteret.

Efter Pavens død befalede Kardinalkollegiet Cesare at forlade Rom med sin hær. Denne, der var hårdt angrebet af malaria, begav sig ud af byen i en bærestol fulgt af sin hær og sin moder Vannozza og broderen Goffredo og de drog alle mod Nepi. Herfra drog Goffredo til Napoli, hvor han i 1504 kunne modtage Cesare, som nu var på flugt for den nye Pave Julius II.

Den 17.maj 1504 blev Cesare arresteret af Consalvo di Cordova og senere blev han holdt som fange i Spanien. Herfra flygtede han i 1506 og søgte tilflugt hos sin svoger, Kongen af Navarra.

Cesare Borgia døde den 12. marts 1507.