Giovanni Borgia var søn af Kardinal Rodrigo Borgia, den senere Pave Alexander VI (1492-1503) og dennes elskerinde Vannozza Catanei.

Giovanni's fødselsår er ukendt, men hans fader og moder mødtes i 1466 eller 1467 og indledte snart et langvarigt forhold, hvor Kardinalen installerede sin elskerinde og deres børn (Giovanni fik snart flere søskende, Cesare i 1475, Lucrezia i 1480 og Goffredo (Joffré) vistnok i midten af 80'erne) i sine ejendomme i Rom, ved Campo dei Fiori, ved Monte Giordano og i "Casa dei Borgia" på Colle Oppio's nordskråning.

Giovanni var en smuk ung mand, rig og kendt for sin elegante klædedragt og sin udsøgte smag, han var sin faders yndling og blev udnævnt til Greve af Gandia efter at en ældre halvbroder, Pier Luigi, som havde denne titel døde. Giovanni "arvede" ligeledes sin halvbroders forlovede Maria Enriquez, en niece til den spanske Kong Ferdinand.

Den 11. august 1492 blev Kardinal Rodrigo Borgia pave og den 24. august 1493 blev Giovanni gift og rejste med sin hustru til Spanien og fik der to børn.

I 1496 rejste han tilbage til Rom, hvor hans fader på alle måder favoriserede ham og i 1497 udnævnte ham til hertug af Benevento, Terracina og Pontecorvo.

Den 14. juni 1497 forberedte han sin afrejse til Napoli for at pleje familiens interesser der (Alexander VI planlagde et ægteskab mellem en prins fra Napoli og datteren Lucrezia). Om aftenen gik han til en afskedsmiddag hos sin moder i villa'en på Colle Oppio's skråning og sammen med familien og deres venner tilbragte han en munter og hyggelig aften med spøg og skåltaler. Sent på aftenen mindede hans broder Cesare ham om afrejsen tidligt næste morgen og de blev enige om at tage hjem til Vaticanet.

Med et lille følge red de så afsted, men i nærheden af Palazzo Cesarini, hvor nu Piazza Argentina ligger, stoppede Giovanni sin hest og bad Cesare og følget at fortsætte, mens han ordnede et "galant ærinde". De så ham gå hen imod Ghetto'en sammen med sin rideknægt og en anden fra følget og senere fik man at vide, at han bad rideknægten om at vente, mens han udførte sit ærinde. Efter to timers ventetid, som var aftalt med Giovanni, tog rideknægten hjem i seng, men næste morgen dukkede Giovanni aldrig op til sin afrejse og heller ikke senere på dagen.

Man underrettede Paven, som undrede sig over Giovanni's mærkelige opførsel og forlangte at tale med rideknægten, derpå sendte man folk ud for at lede efter ham og de fandt hans hest, så man tænkte på en ulykke indtil man så at en af stigbøjlerne var skåret over.

Nu sendte Paven også sit politikorps på opgaven og de fandt en vis Giorgio, som boede på en båd ved Tiberens bred og kunne fortælle om uhyggelige lyde fra flodbredden den nat: nogle mennesker, der slæbte på noget stort og tungt, som blev smidt i floden.

Så blev flodens bredder grundigt undersøgt og nu fandt man Giovannis lig, dræbt af 9 knivstik og med halsen skåret over og hænderne bundet. Han havde alt sit tøj på og sine smykker og penge i pungen, så om noget røverisk overfald var der ikke tale.

Nu startede en større jagt på morderen, men efter nogle få dage blev den pludselig afblæst. Hvorfor dog, Paven sørgede så frygteligt over tabet af sin søn, men ønskede alligevel ikke morderen fundet? Samtiden sagde, at det var fordi faderen vidste at det var hans anden forgudede søn Cesare, som havde myrdet sin broder i jalousi.

Det kan nu også have været andre, Giovanni havde mange fjender i Rom, for eksempel Kardinal Alessandro Farnese, som han havde snydt for et godt embede, eller Giovanni Sforza, søsteren Lucrezia' ægtemand, som familien ikke mere havde brug for og som offentlig beskyldte dem for incest, eller Kardinal Ascanio Sforza, hvis hus lå lige ved det sted, hvor Giovanni sidst var set og som netop havde haft et større sammenstød med ham, eller måske hans anden broder, den yngre Goffredo (Joffré), som måske frygtede et forhold mellem Giovanni og hans smukke hustru Sancia, eller ... mulighederne var talrige.

Hans sørgende fader gav ham en stor begravelse og fik opsat et smukt gravmæle i Kirken Santa Maria del Popolo.

Efter hans død gik hans hustru Maria Enriquez i kloster.