Goffredo (Joffré) Borgia var den yngste af Kardinal Rodrigo Borgia (den senere Pave Alexander VI) og Vannozza Catanei's fire børn. Han er sandsynligvis født først eller midt i 1480'erne kort før hans forældres kærlighedshistorie sluttede.

Den 7. maj 1494 blev den ganske unge Goffredo og gift med Sancia, en uægte datter af Kong Alfonso II af Napoli.

I 1497 blev Goffredo's ældste broder Giovanni myrdet af ukendte gerningsmænd efter en middag i moderens hjem på Colle Oppio og rygterne i byen udråbte brødrene Cesare og Goffredo som mulige brodermordere.

I 1499 sendte Paven Goffredo's hustru Sancia hjem til Napoli, men allerede i juli 1500 var hun tilbage igen.

I 1501-1502 fik Goffredo kommanoen over de pavelige tropper.

Efter Pavens død i august 1503 befalede Kardinalkollegiet Borgiafamilien til at forlade Rom med deres hær, herfra drog Goffredo til Napoli med Sancia. Han døde i 1517.