Cesare Borgia var antagelig den næstældste af Kardinal Rodrigo Borgia (den senere Pave Alexander VI) og Vannozza Catanei's fire børn. Han blev født i 1475 og straks lagde hans fader planer for den nyfødtes kirkelige karriere, der forhåbentlig skulle ende med et pavevalg en dag.

Fra barnsben blev Cesare opdraget med dette for øje og allerede i 1482 blev han udnævnt til "protonotar". Senere fulgte andre embeder og da hans fader var blevet pave, blev sønnen udnævnt til kardinal i 1493.

I 1497 blev Cesare's ældre broder Giovanni myrdet af ukendte gerningsmænd efter en middag i moderens hjem på Colle Oppio og rygterne i byen udpegede snart Cesare som morderen. Den sørgende fader afblæste hurtigt eftersøgningerne og sagen blev til almindelig forundring henlagt.

Nu var Cesare ældste søn og ville efter faderens død blive slægtens overhoved, en kirkelig karriere var ikke mere så interessant, så i 1498 afsagde han sine kirkelige løfter og blev i stedet af den franske konge udnævnt til Hertug af Valentinois (hvorfra han fik tilnavnet "Il Valentino") og i 1499 blev han gift med en fransk prinsesse Charlotte d'Albert, søster til Kongen af Navarra.

I 1500 blev Cesare's svoger, Alfonso di Bisceglie gift med søsteren Lucrezia, angrebet og livsfarligt såret af ukendte gerningsmænd, og da han alligevel kom sig, blev han myrdet i sin seng i Vatikanet. Endnu engang udpegede rygterne Cesare som morder og sagen blev da også hurtigt henlagt uden at gerningsmanden var fundet.

Cesare Borgia var ligesom sin fader besat af ønsket om magt og ønsket om at skaffe familien besiddelser, indflydelse og rigdom og i Pave Alexander VI's sidste år var det for en stor del Cesare, som lagde de planer, som den gamle pave derefter godkendte. Flere og flere dele af Kirkestaten og andre områder blev med magt underlagt Cesare og da Pave Alexander døde i 1503 havde Cesare så stor magt, at han trods det at han selv var meget syg, formåede at holde tømmerne i Rom og endog at have indflydelse på det næste pavevalg.

Men her havde han gjort regning uden vært, da først Pave Julius II havde fået sin magt konsolideret, udstedte han en arrestordre på Cesare, som måtte flygte til Napoli og senere til Spanien, hvor han blev taget til fange og døde den 12. marts 1507.