Goffredo (Joffré) Borgia var den yngste af Kardinal Rodrigo Borgia og Vannozza Catanei's fire børn. Han er sandsynligvis født først eller midt i 1480'erne kort før hans forældres kærlighedshistorie sluttede.

Goffredo havde tre ældre søskende, brødrene Giovanni og Cesare og søsteren Lucrezia, født i 1480. Denne lille familie installerede Kardinalen (den senere Pave Alexander VI) i sine huse på Via di Monte Giordano og Colle Oppio's nordskråning ("Casa dei Borgia").

Men børnenes opdragelse blev lagt i hænderne på Kardinalens niece Adriana Mila, som var gift med Ludovico Orsini og boede i Orsini-familiens palæ på Monte Giordano, hvor sønnerne voksede op.

I 1492 blev Kardinal Rodrigo valgt til Pave Alexander VI og med dette steg hans ambitioner om at skabe sig og sine børn et dynasti med midler og magt. Til dette formål gjaldt det om at indgå betydningsfulde alliancer med magtfulde fyrster og dette besegledes bedst med ægteskabsløfter. Da Paven således i 1493 sluttede fred med Kong Ferrante af Aragona blev der indgået aftale om et ægteskab mellem den unge Goffredo og Sancia, en uægte datter af Alfonso af Calabrien, som efter Kong Ferrante's død blev kronet til Kong Alfonso II af Napoli.

Den 7. maj 1494 blev den ganske unge Goffredo og Sancia gift og det unge hertugpar af Squillace forlod Rom for en tid under urolighederne, mens den franske hær indtog Rom sidst på året.

Den 20. maj 1496 kunne de imidlertid vende tilbage til Rom, hvor familielivet blev genoptaget, da også de øvrige søskende opholdt sig i byen i denne tid. Der dukkede dog snart sorte skyer op over idyllen, i 1497 blev den ældste broder Giovanni myrdet af ukendte gerningsmænd efter en middag i moderens hjem på Colle Oppio og rygterne i byen udråbte Cesare til brodermorder. Der var dog også dem, der mente, at det måske var Goffredo, der i jalousi over et forhold mellem Sancia og Giovanni skulle have myrdet denne. Deres fader, Paven, var knust af sorg og den 7. august forlod Goffredo og Sancia atter Rom for at tage ophold i Squillace.

Året efter, 1498, blev Goffredo's søster Lucrezia, der i mellemtiden var blevet skilt fra sin første mand, gift med hans svoger, Sancia's broder, Prins Alfonso di Bisceglie, en uægte søn af Kong Alfonso II af Napoli.

I de følgende år ændredes Pave Alexander's "udenrigspolitik" sig og de spanske alliancer var nu ikke mere interessante, hvor Cesare vendte sig mere og mere mod Frankrig for til sidst at blive gift med en fransk prinsesse.

I 1499 følte Alfonso di Bisceglie sig så utryg i Rom, at han rejste væk og som straf sendte Paven nu Goffredo's hustru Sancia hjem til Napoli. Børnenes fortvivlse over adskillelsen og gode venners mæglen bragte dog familierne sammen igen i Rom, men den 15. juli 1500 blev Alfonso di Bisceglie såret af ukendte gerningsmænd, Lucrezia og Sancia ilede til hans sygeleje og plejede ham så kærligt, at han næsten var rask, da de ved list blev lokket bort fra ham, mens endnu en gang ukendte gerningsmænd angreb ham og kvalte ham i hans seng.

Atter en gang rejste Goffredo og Sancia tilbage til Squillace, men i 1501-1502 gav Paven Goffredo kommanoen over de pavelige tropper i kampen mod de romerske baroner, som foretog lynangreb mod Rom ude fra deres baser i den Romerske Kampagne. Goffredo havde imidlertid ikke meget held med sit forsvar og Cesare måtte ile ham til hjælp.

I August 1503 døde Pave Alexander VI, mens Goffredo var væk fra byen. På grund af det varme og fugtige vejr måtte begravelsen fremskyndes og af angst for at romerne skulle tage "hævn" over den forhadte pave, blev liget hurtigt flyttet til San Pietro og begravet bag højalteret.

Efter Pavens bød befalede Kardinalkollegiet Cesare at forlade Rom med sin hær. Denne, der var hårdt angrebet af malaria, begav sig ud af byen i en bærestol fulgt af sin hær og sin moder Vannozza og også af Goffredo og de drog alle mod Nepi. Herfra drog Goffredo til Napoli, hvor han sammen med Sancia i 1504 kunne modtage Cesare, som nu var på flugt for den nye Pave Julius II.

Sancia døde i 1504 knap 27 år gammel og Goffredo giftede sig igen med Maria de Mila. Han døde i 1517.