Kirkens indre er i 3 skibe opdelt af granitsøjler, joniske i den nederste del og korinthiske i den øverste, hvor et andet matroneum er indrettet til kor.

Det første alter i højre sideskib er viet til San Bernardino da Siena og den trefløjede altertavle er af P. Michelangelo Cianti (1840-1923): "San Bernardino con i Santi Giovanni da Capestrano e Giacomo dellla Marca".

Andet sidealter er viet til San Giuseppe og er udsmykket med maleriet "Transito di San Giuseppe" ("San Giuseppe's Død") af P. Giuseppe Maria Rossi (1843-1890).

Tredje sidealter er viet til "L'Immacolata" ("Den Ubesmittede Undfangelse") og her findes en trefløjet altertavle af ungareren Francesco Szoldaticz (død 1916): "La Vergine con il Bambino ed i Santi Giovanni Evangelista e Margherita da Cortona" ("Jomfru Maria med Jesus-Barnet og Helgenerne Evangelisten Johannes og Margherita da Cortona").

Det fjerde alter i højre sideskib er viet til "I Martiri Gorcomiensi" og her har P. Giuseppe Maria Rossi ladet sig inspirere af et billede af C. Fracassini (findes i Pinacoteca Vaticana) til et maleri af "I Martiri Gorcomiensi".

Det femte og sidste alter i højre side er viet til San Bonaventura da Bagnoregio og har et maleri af "San Bonaventura tra gli Arcangeli Michele e Raffaele" ("San Bonaventura mellem Ærkeenglene Michael og Rafael)" af en ukendt kunstner fra det sene 1800-tal.

For enden af højre sideskib ligger "Cappella di Sant'Antonio".

Højalteret er - ligesom sidealtrene - tegnet af kirkens arkitekt Luca Carimini, men flyttet og sat sammen med et mindre alter i 1960. Her står en træstatue af Sant'Antonio (udført i 1960 af Alessandro Monteleone) og i apsis er der en fresko af P. Bonaventura Loffredo da Alghero (1830-1903): "Apoteosi dell'Ordine Francescano". Nedenunder er opsat et kor i træ.

For enden af venstre sideskib ligger "Cappella del Santissimo Sacramento". Ved siden af dette står statuerne af 2 engle med lysestager

Til venstre ligger 2 sakristier og man kan gå rundt bagom selve apsis og se en kopi af Parmigianino's "Madonna e Santi".

Det øverste alter i venstre sideskib er viet til San Francesco og forsynet med en trefløjet altertavle af Franz de Rhoden, en maler af nazarener-skolen's sene periode (1817-1903): "San Francesco e i Santi Pietro d'Alcantara e Pasquale Baylon".

Det næste alter er viet til "I Martiri Giapponesi" og smykket med et maleri af disse udført af den romerske kunstner Cesare Mariani (1826-1901).

Det tredje og midterste alter i venstre sideskib er viet til "Il Santo Cuore" og her findes maleriet "Cristo tra San Luigi di Francia ed Elisabetta d'Ungheria" af P. Caio d'Andrea (1849-1900).

På det andet alter er der et maleri af Santa Chiara, som alteret er viet til. Det er af Giuseppe Bravi (1864-1936).

Første alter i venstre sideskib er viet til San Ludovico di Tolosa og har en trefløjet altertavle med "San Ludovico e i Santi Diego d'Alcalà e Francesco Solano" af Giuseppe Bravi.

Kirkens udsmykning er interessant fordi malerierne repræsenterer den nazarenske kunstretning på den tid.