I 1565 døde Pius IV og arbejdet med kirken stoppede midlertidigt, kapellerne i "frigidariet" var endnu ikke blevet indrettede og indgangen ud mod Via Cernaia endnu ikke bygget, her lå stadig dynger af murbrokker fra ruinerne og spærrede og dette arbejde kom faktisk aldrig rigtigt i gang, men i mange år stod kirken næsten, som Michelangelo havde tænkt sig den, indtil man i midten af 1700-tallet begyndte at lukke de gamle hovedindgange og i stedet indrette kapeller i rummene, "Cappella di San Brunone" ud mod nutidens Via Cernaia og "Cappella del Beato Niccolò Albergati" ud mod nutidens Piazza dei Cinquecento. Dette første blev tegnet af kunstneren Carlo Maratta, mens det sidste skyldes arkitekten Clemente Orlandi, som blev tilkaldt for at indrette kirken, så der kunne ophænges de mange store malerier, som fra 1725 blev flyttet hertil fra Peterskirken.

Kort efter kirkens indvielse begyndte man at udsmykke den og fylde den med altre og kapeller og allerede under Pave Gregor XIII (1572-1585) blev der lagt gulv. Disse sort-hvide marmorfliser holdt til 1778, hvor det blev nødvendigt at lægge nyt gulv, desværre medførte det at mange gravsten i gulvet forsvandt.

Den første gravsten var for kirkens grundlægger Antonio Lo Duca, som døde i 1564 og blev begravet ved det daværende højalters trin, omtrent hvor det nuværende træalterbord står (29).

Den næste person, der blev begravet i kirken, var kunstneren Daniele Ricciarelli da Volterra, der var elev af Michelangelo og døde i 1566. I sit testamente ønskede han at blive begravet her og som gravmæle at få den statue af en engel, som han havde påbegyndt for Paven til Castel Sant'Angelo. Man ved ikke, hvor i kirken han blev begravet og om statuen blev sat op, det er i hvert fald sikkert, at den ikke har været der efter 1754.

Den tredje, der blev begravet i kirken, var Kardinal Ludovico Simonetta, der var Kardinal-Præst ved Kirken San Ciriaco og beskytter af Karteuser-Ordenen. Han døde i 1568.

Det første kapel (28) blev indrettet i kirken i 1574 - eller måske endog tidligere - af Præsten Matteo Catalani, der var en god ven af Antonio Lo Duca og nedskrev dennes historie. Han erhvervede brugsretten til de 2 små rum på hver side af det oprindelige gamle træalter, som stod "under den store bue i det store hvælv", omkring det sted, hvor træalterbordet står idag. Dengang var kirkens apsis endnu ikke udbygget og rummet afsluttedes lige efter nutidens alterbord. Ved det gamle alter blev hans ven og lærer Antonio Lo Duca begravet i 1564 og Catalani lod rummet til venstre vie til "Il Salvatore" ("Frelseren") og indrette til kapel for sig og sin familie, hvis våben blev opsat på siden af kapellets alter. Det blev Michelangelo's elev billedhuggeren Jacopo Del Duca, som kom til at indrette kapellet. Allerede i 1572 omtales en gravsten for Caterina Dorotea Catalani, hustru til Paolo Catalani, som muligvis var broder til Matteo, og familiegravstedet er forsynet med indskriften: "Mattheus Catalani Sicolus Palatioli sibi suis pos eris" og en blomsterdekoration.

I "Cappella del Salvatore" findes kirkens ældste malerier (bortset fra maleriet i apsis), blandt andet hænger der et stort maleri af Giulio Mazzoni il Piacentino, det kaldes "Pontefice Orante" ("Den Bedende Pave") og fremstiller alle de personer, som havde del i, at kirken blev indrettet. Også Matteo Catalani selv er afbilledet her. Gulvet er det originale gamle mosaikgulv og indskriftstavlen på væggen er også fra 1574. (Læs mere om kapellet her!)

Kapellet overfor (27), som Matteo Catalani også erhvervede for at vie det til Jomfru Maria, blev aldrig indrettet og overtoges i 1608 af adelsmanden Alessandro Litta. Man ved ikke med sikkerhed, om Catalani-famieliegravstedet lå i dette kapel eller i kapellet overfor.

Til det næste kapel, som blev indrettet i kirken, valgte man det firkantede rum (2), der ligger lige til højre for indgangen i det runde "tepidarium". Det blev oprettet i 1575 af den rige bankier Girolamo Ceuli, som man kan se af indskriftsstenen i gulvet i kælderen under kapellet. Det er viet til "Il Crocifisso" ("Den Korsfæstede"), som fremstilles på det store maleri over alteret. Kunstneren menes at være Giacomo della Rocca, som også freskomalede væggene og loftet. Både gravmæle og fresker er nu forsvundet.

I 1578 begravedes Pompeo Quintilio Nobili i kirken, også hans gravsten er senere forsvundet.

Det tredje kapel blev indrettet i det firkantede rum (5) lige overfor "Cappella del Crocifisso" i 1579 af Consalvo Alvaro, der var medlem af broderskabet "Compagnia della Santissima Trinità e dei Devoti di San Filippo Neri" og i sit testamente betænkte både dette og kapellet her med en sum penge. Kapellet, som han havde udsmykket smukt og forsynet med alt udstyr, kunne således vedligeholdes fremover. Det er viet til Santa Maria Maddalena og maleriet over alteret er af Arrigo Fiammingo.

Indtil nu fulgte man stadig Michelangelo's idé om kapeller i de mindre rum, nu skulle turen imidlertid komme til de lidt større rum i den store sal, men disse blev alt for dyre at indrette og projektet blev aldrig til noget. Samtidig udviklede den lille sideindgang ud mod exedra'en sig efterhånden til at blive den mest søgte og vejen op til højalteret gik her lige frem og dette var måske også en grund til at væggene langs denne så hurtigt fyldtes med gravmæler.

I 1583 opsatte man et gravmæle for Kardinal Francesco Alciati (3) lige efter "Cappella del Crocifisso". Rammen omkring monumentet er muligvis tegnet af Michelangelo selv, men udført af Jacopo del Duca.

Samme år flyttedes Pave Pius IV's rester hertil. Han havde i sit testamente ønsket at blive begravet i kirken efter sin død i 1565. Dette skete dog først flere år senere i 1583 og det er muligt, at presbyteriet blev udvidet allerede på dette tidspunkt. Hans gravsten findes på væggen til venstre i kirkens apsis (35).

I 1585 indrettede Pietro Alfonso Avignonese det fjerde kapel (9) "Cappella di San Pietro" i et lille firkantet rum på venstre side i gennemgangsrummet lige før man kommer ind i den store sal.

I 1591 døde kirkens første Titulær-Kardinal Serbelloni og hans gravsten, som idag findes til højre i kirkens apsis (33), var en nøjagtig kopi af Pave Pius IV's.

I 1604 opsattes et gravmæle for Kardinal Pier Paolo Parisi fra Cosenza på den buede væg til venstre lige efter "Cappella della Maddalena" i kirkens runde vestibule (4). Det er et elegant og enkelt monument i en ramme magen til den rundt om "Monumento al Cardinale Alciati" lige overfor. Kardinal Parisi døde i 1565, men først i 1604 lod hans nevø Biskoppen af Bitonto Flaminio Parisi gravmælet opføre. Muligvis er rammen udført tidligere af Jacopo Del Duca.

I 1608 overtog den milanesiske adelsmand Alessandro Litta det lille kapel (27), som Matteo Catalani i sin tid erhvervede og viede til Jomfru Maria, men aldrig fik udsmykket. Det blev nu yderligere viet til San Giacinto og heri er opsat et gravmæle for Alessandro Litta, en lærd og dydig mand. (Kapellet ligger til højre i gennemgangsrummet ind til højalteret).

I 1518 begravedes Giovanni Vaccaroni i kirken, men hans gravsten forsvandt, da kirkegulvet blev hævet.

I 1620 indrettede en polsk gejstlig Bartolomeo Povusinski det lille firkantede rum (8) i højre side af gennemgangsrummet mellem den runde vestibule og den store kirkesal til et lille kapel for Sankt Bruno, Karteuser-Ordenen's stifter. Senere overtog Familien Aldobrandini kapellet.

Også en vis Prospero Parisio fik en gravsten i kirkegulvet, men den findes ikke mere.

I 1624 blev Giulio Cesare Lagalla begravet i kirken, også hans gravsten er forsvundet.

Federico Ubaldino begravedes i 1657, gravstenen fandtes i kirkens gulv, indtil dette blev hævet i 1778.

Det samme gælder gravstenen for Agostino Camotti, som døde i 1660.

Og den for Nicola Larcheo Michaelis, der blev begravet i 1665.

I 1673 døde kunstneren Salvator Rosa og blev begravet i kirken, hans gravmæle (6) er opsat på væggen i den runde vestibule lige til venstre for indgangen. Monumentet består af en sarkofag, hvorfra Salvator Rosa rejser sig med en bog i hånden. Sarkofagen hviler på en base med 2 små engle ved siden, de symboliserer maleriet og poesien, da kunstneren både var maler og digter, og er udført af Bernardino Fioriti.

I 1678 blev Fabrizio Gaeta begravet i kirken, men hans gravsten forsvandt, da kirkegulvet blev hævet i 1778.

Nu var der så 6 kapeller og en række gravmæler på række på vejen fra sideindgangen og op mod højalteret, mens resten af den store sal stod tom og uudsmykket - på nær de 8 antikke røde granitsøjler - og hovedvægten kom derfor, stik imod Michelangelo's intentioner, til at ligge på aksen sideindgang-højalter! Dette forstærkedes yderligere af den del af rummet som vendte ud mod Via Pia (nutidens Via XX Settembre) stort set var ubenyttet, fordi denne indgang aldrig var blevet bygget. Lyset trængte dog ind i kirken over den afskærmningsvæg, som var blevet opsat, og afslørede kontrasten mellem den ruinerede og uvedligeholdte del af kirken mod den nu stærkt udsmykkede og besøgte akse.

Karteuser-munkene så gerne, at hele rummet blev mere samlet og ensartet og at yderpunkterne også kom til at indgå i kirkebygningen, samtidig ønskede de at indrette et smukt og stort kapel for Ordenens stifter og de henvendte sig nu i anledning af Jubelåret 1700 til arkitekten Clemente Orlandi for at få ham til helt at lukke siderummet mod Via Pia og samtidig lukke de store buer i dettes sider, så der blev dannet et rum, som kunne indrettes til et stort kapel (21).

Da "Cappella di San Brunone" var indrettet, lå det nu lige frem for Michelangelo's anden hovedindgang, den ud mod nutidens Piazza dei Cinquecento, og derfor og på grund af dets størrelse antog mange besøgende, at det var kirkens højalter. Kapellet er tegnet af kunstneren Carlo Maratta og loftet er bemalet med fresker med de 4 evangelister, udført af Andrea Procaccini og Antonio Bicchierai.

I 1713 blev kunstneren Carlo Maratta, der havde udført så mange arbejder i kirken, begravet her i et gravsted, som han selv havde forberedt siden 1704, lige til højre for indgangen i den runde vestibule. Det blev derpå opsat af Francesco Maratta, der hertil udførte en marmorbuste af sin broder.

Åbningen af "Cappella di San Brunone" var dog ikke nok til at gøre den store sal til en harmonisk helhed med aksen sideindgang-højalter, så op til det næste Jubelår 1725 bestemte Pave Benedikt XIII at en række store malerier, der havde været opsat på forskellige altre i Peterskirken, skulle flyttes hen til Santa Maria degli Angeli og opsættes på de store, tomme, bare vægge her. Der skulle ialt flyttes 12 billeder og de første 2 blev i 1729 opsat i presbyteriet, hvor man lukkede de vinduer, som var blevet lavet i 1500-tallet og som stadig kan ses udefra. Det drejer sig om malerierne "Presentazione di Maria al Tempio" (30) af Giovanni Francesco Romanelli på højre væg og "Morte di Anania og Safira" (38) af Pomarancio på venstre væg.

I 1736 kom de næste 2 malerier til, men de blev måske ikke ophængt på deres nuværende plads med det samme, hvis de blev forudsætter det, at presbyteriet allerede var udvidet eller også blev udvidet nu. Det kan dog ikke udelukkes, at de i starten blev ophængt et andet sted og først flyttet til deres nuværende plads, efter at Luigi Vanvitelli i 1749-50 ændrede - og måske udvidede - presbyteriet. Billederne hænger idag lige efter de 2 førnævnte: på højre væg "Martirio di San Sebastiano" (31) af Domenichino og på venstre væg "Battesimo di Gesù" (37) af Carlo Maratta.

Omkring 1742 lod Kardinal Camillo Cybo indrette et kapel (36) ved siden af sakristiet for her at opbevare de mange martyrrelikvier, som han havde samlet. I kælderen under kapellet lod han bygge et gravsted for sin familie.

I 1744 saligkåredes Karteuser-munken Niccolò Albergati og hans medbrødre ville derfor opføre et kapel til hans ære (13). Til dette formål syntes det passende at anvende rummet overfor "Cappella di San Brunone", altså det rum, hvor Michelangelo's anden hovedindgang, den ud mod nutidens Piazza dei Cinquecento, var bygget. I årene 1746-49 lukkedes denne indgang og rummet blev ombygget til kapel under ledelse af Clemente Orlandi. Samtidig arbejdedes der videre på at indrette den store sal til "kunstmuseum" og de store åbne buer ind til 3 af de 4 store siderum, som Michelangelo havde forestillet sig indrettet til kapeller, tilmuredes for at få plads til ophængningen af de store malerier. Man troede forøvrigt, at man herved førte rummet tilbage til det oprindelige udseende!

I 1749 overgik ledelsen af ombygningarbejdet til arktitekten Luigi Vanvitelli, som efter Michelangelo er den, der har sat sit store præg på kirken, som den ser ud idag.

Vanvitelli's kirke : fra 1749 til idag