Ved siden af Kirken Santa Caterina dei Funari ligger langs med Via Caetani de bygninger, som engang husede det til Kirken knyttede Kloster. De nuværende bygninger stammer fra 1561, men har senere undergået forskellige restaureringer, renoveringer og ændringer.

Det var ikke det første kloster på stedet, da der allerede tidligere havde været et sådant i forbindelse med den ældre og omkring 1580 nedrevne Kirke Santa Maria Domnae Rosae. Denne lå noget nordligere og østligere end nutidens Kirke, med indgang fra en lille plads, som fandtes omtrent midt i nutidens Via Caetani, og med kirkerummet pegende mod øst. Umiddelbart syd for denne Kirke lå et Kloster af omtrent samme størrelse med en klostergård bagved samt en større urtehave, der mod øst kunne tilgås fra en gren af Vicolo dei Polacchi, bag det senere Palazzo Delfini.

I 1536 overlod Pave Paul III den senere spanske helgen Ignazio di Loyola, som nu slog sig ned i Rom, den gamle Kirke med tilshørende bygninger. Ignazio og en række ligesindede gejstlige og fromme borgere ønskede her at skabe et hjem for unge kvinder, der ellers ikke havde andre muligheder for at klare sig end den, som prostitutionen bød dem. Derfor oprettede Sant'Ignazio et Broderskab, som kunne påtage sig organiseringen af hjælpen til de "stakkels jomfruer i fare", som de unge piger kaldtes. Broderkabet kaldtes Compagnia delle Vergini Miserabili di Santa Caterina eller efter dets endelige godkendelse af Pave Paul IV i 1558: Confraternita delle Vergini Miserabili Pericolanti di Santa Caterina della Rosa ai Funari.

I Klosterbygningen indrettede Broderskabet Pigehjemmet, kaldet Conservatorio delle Vergini Miserabili di Santa Caterina della Rosa ai Funari, mens andre af Kompleksets rum blev overladt til 12 nonner af Augustiner-Ordenen, som skulle stå for den daglige drift og pigernes undervisning. Andre Rum blev efterhånden anvendt som "enkehus", Casa delle Vedove, hvor de elever, som var blevet gift og senere enker - eller forladt af deres mand, kunne få husly og underhold på samme vilkår som de unge piger og Klosterets øvrige beboere.

Det gamle Kloster var dog i dårlig stand, og Broderskabet fik derfor Pavens tilladelse til at rive bygningerne ned og samtidig at købe nogle naboejendomme, så de i perioden 1551-1561 kunne bygge et nyt og bedre Kloster - med plads til Pigehjem og Enkehjem - samt en større og smukkere Kirke på området sydvest for de tidligere bygninger. Den gamle Kirke, Santa Maria Domnnae Rosae, blev først indrettet som det nye Klosters kapel, men senere - i 1580 - helt nedrevet, da det på grund af den store tilstrømning af elever blev nødvendigt at udvide Klosteret.

I Pave Pauls godkendelse beskrives det nye Klosterkompleks som en bygning omgivet af høje mure, der indrettes som klausur, det vil sige afsondret fra omverdenen, med aflåste porte, og vinduer kun mod de indre gårde og haver. Bygningen skulle indeholde et refektorium (spisesal), et dormitorium (sovesal), et infirmaria (sygestue), en urtehave, samt småhuse til havebrug og lignende. Den sidste udbetaling, som blev foretaget for byggeriet, skete i 1561 og dækkede den fyrretræsdør, som vendte ud mod haven.

Allerede fra 1581 begyndte man at udvide Klosteret ved at opføre nye bygning i haveområdet, "ved siden af det gamle hus, hvori forvalteren bor". Man mener, at dette byggeri stod færdigt omkring 1600-1603. I slutningen af 1630'erne havde Klostret 3 porte til 3 områder, hvoraf det yderste var tilladt udefrakommende at betræde, mens kun særligt betroede nonner kunne færdes indenfor den næste port. Og kun beboerne selv havde tilladelse til at færdes indenfor den sidste port. Nonner og elever levede nemlig her i klausur. Den yderste port blev lukket udefra af forvalteren, når klokken slog til Avemaria. Indenfor denne lå den indre gårdsplads, hvor der stod et smukt alter. Mellem gårdspladsen og de indre rum var der ligeledes en port og ved siden af sad det såkaldte "ruota", en åbning i muren med låger både mod gården og mod de indre rum, forsynet med en slags drejeskive. Den udefrakommende kunne herude åbne den yderste låge og lægge en ting på skiven. Når lågen atter var lukket, kunne nonnen indenfor åbne sin låge og dreje skiven for at hente det afleverede. Til hver af de 3 porte var der 3 nøgler, heraf havde Priorinden det ene sæt (i tilfælde af hendes sygdom opbevaredes det af forvalteren), mens det andet sæt var i varetægt hos Vicepriorinden ("La Madre Viacaria") og det sidste sæt hos arbejdsledernonnen.

Endelig blev der i 1636 under Kardinal Antonio Barberini foretaget yderligere udvidelser og ændringer af Komplekset. Her inddroges karréens nordvestlige hjørne ud til Via delle Botteghe Oscure, hvor der indrettes en stor, ny sovesal.

Når en nonne - eller en elev - døde, blev hendes personlige ejendele solgt til en marskandiser. Det gjaldt både seng, sengetøj, tøj, samt de sager, som hun kunne have medbragt som sin medgift til Klosteret, for eksempel, bedeskammel, stole, trækister, skabe, billeder eller måske en sølvske.

Ligesom de unge piger i Pigehjemmet måtte nonnerne kun forlade Klosteret under ganske særlige omstændigheder, det vil sige så godt som aldrig. Én gang om året deltog de dog i den højtidelige procession til Kirken Santi Apostoli, når Santa Caterina's festdag fejredes den 25. November. Her deltog både Klosterets protektor, andre kardinaler, medlemmer af Broderskabet, alle nonnerne og alle pigebørnene, de ældste i hvide kjoler og de yngste udklædte som englebørn.

Med tiden ændredes opfattelsen af Pigehjemmet - og dermed nonnernes arbejde. Der oprettedes en dagskole for betalende pigebørn og klientellet ændrede sig, så også adelige piger kunne få undervisning her. Man må formode, at nonnerne har leveret en opdragelse og undervisning, som de kunne være stolte af.

Under den franske besættelse i 1798 blev det svært at opretholde Klostrets og Pigehjemmets afsondrethed og i 1809 blev det simpelthen lagt ind under en nedsat Kommision, samt pålagt ar betale 1000 scudi i afgift til den franske regering. Kort efter Pave Pius VII's hjemkomst i 1814 blev forholdene bragt tilbage til den tidligere tilstand og Leo XII nedsatte i 1826 et udvalg, der skulle sørge for en bedre kontrol med alle institutioner af denne art.

Efter Pavedømmets fald, overtog den nye Italienske Stat Klostrets ejendom, men da nonnerne kunne bevise, at ejendommen rettelig tilhørte Pigehjemmet, som var oprettet og vedligeholdt af private, lykkedes det dem at få midlerne ført tilbage til Conservatoriet.