Kirkerummet består af et enkelt stort skib med 3 kapeller/altre i hver side. I gulvet ses mange gravsten fra den gamle Kirke. Seværdig er en særligt smukt udført for den Pavelige Nuntius Baccarius, der døde i 1738. En smuk hvid marmorsten kantet af sort marmor med indridsede ornamenter og den afdødes våben i flere farver marmor forestillende en ko, to bjerge og en stjerne (se foto af Alvaro de Alvariis).

Det tøndehvælvede loft er dækket af rækker af stuklister og kassetter med roser og ornamenter rundt om store rammer med våbenskjoldene for Pave Pius IX og Kongeriget Begge Sicilier.

Væggene er opdelt i sidekapeller inde i brede buer med stukudsmykning. Mellem hvert kapel står en eller 2 brede, flade, røde mursøjler med hvide korinthiske kapitæler, som bærer en række gennemgående friser under loftet, hvori der flere steder er store runde vinduer, der belyser rummet.

Kuplen over Højalteret har en loftsfresko malet af Giuseppe Passeri i år 1700. Motivet er Kristus og Gud Fader omgivet af engle. Det store Presbyterium under kuplen er også rigt udsmykket.

EN RUNDGANG i KIRKEN:

Højre side:

1. Kapel i højre side kaldes også Cappella di San Francesco di Paola : her findes et gravmæle for Markis'en Alfredo Dusmet. Det er udført i mangefarvet marmor med en urne i en lille tempelopbygning mellem kannellerede søjler og et basrelief, hugget af Pietro Canonica og forestillende Catania's ærkebiskop Giuseppe Benedetto Dusmet, som plejer kolerasyge i Caltanisetta i 1854 (se foto af Alvaro de Alvariis). På modsatte væg ses gravmælet for Edith Dusmet Oliver Shields, hvor samme billedhugger har udført et basrelief forestillende Ærkebiskoppen af Catania der bringer det hellige slør til Sant'Agata som værn mod Etna's udbrud i 1886 (se foto af Alvaro de Alvariis). På Kapellets alter sidder et maleri af Bonaventura Lamberti. Det er fra 1720 og forestiller San Francesco di Paola som mirakuløst helbreder et barn (se foto af Alvaro de Alvariis).

2. "Kapel" i højre side er egentlig kun en ikke ret dyb niche på væggen: her ses et gravmæle for Kardinal Giovanni Battista de Luca. (se foto af Alvaro de Alvariis). Det er udført i mangefarvet marmor af Domenico Guidi efter 1690. Oprindeligt var det anbragt på indgangsvæggen, til højre for døren. Figuren af den afdøde ses fordybet i bøn mellem statuer af Styrken ("La Fortezza", til venstre) og Mådeholdet ("La Temperanza", til højre). De små englebørn på toppen af søjlerne, der flankerer Kardinalen, skal symbolisere "Døden" (til venstre) og "Evigheden" (til højre). Øverst under buen, som omslutter gravmælet, sidder et relief med Kardinalens våben. Den bedende afdøde er meget levende fremstillet - se eksempler på flere gravmæler af denne type på siden Romeartlover.

3. Kapel i højre side kaldes Cappella del Crocifisso ("Den Korsfæstedes Kapel") : Altertavlen er her en fresko af Pietro Gagliardi med motivet "Gesù morente in croce" : "Den døende Jesus på Korset". (se foto af Alvaro de Alvariis).

Presbyteriet:

Sidevæggenes mursøjler er freskobemalet af Pietro Gagliardi i slut-1800-tallet. Til højre kan man blandt andre se Santa Cristina og Santa Sofia og til venstre San Ferdinando (se foto af Alvaro de Alvariis) og Santa Teresa d'Avila.

Over dørene i Presbyteriet sidder 2 basrelieffer i marmor med motiver fra San Francesco di Paola's liv. De er udført af Vincenzo Felici og Giuseppe Napolini på et tidspunkt sent i 1600-tallet. (se foto af Alvaro de Alvariis). Nogle kunsthistorikere tolker relieffet over den venstre dør som et Mirakel af San Francesco d'Assisi.

På den store Triumfbue før Kuppelrummet ses en fresko med Pinse-underet som motiv (se foto af Alvaro de Alvariis). Maleriet er udført af Pietro Gagliardi.

Højalteret er udført i farvet marmor efter en tegning af Carlo Fontana. En mindeindskrift herom kan ses på alterbordet, hvor der står "A.C. F. A. MDCCIX" (=1709) (se foto af Alvaro de Alvariis).

Kuplen over Højalteret blev freskoudsmykket af Giuseppe Passeri omkríng 1700. Motivet er Kristus og Gud Fader tilbedt af engleskarer (se foto af Alvaro de Alvariis). I kuppelhjørnerne er der malet 4 evangelister. De blev oprindeligt amlet af Passeri, men i 1869 genmalet af Gagliardi.

Apsis :

her malede Pietro Gagliardi i slutningen af 1800-tallet en "Bebudelse" ("Annunciazione"), (se foto af Alvaro de Alvariis). Ellers er apsisrundingen beklædt med mangefarvede marmorplader.

Nederst på væggen ses gravsten for Napoli's kongefamilie: Francesco II ("Franciscus II - Utriusqve Siciliae Rex" = "Frans II, Konge over Begge Sicilier"), død 1894, og hustruen Sofia dei Baviera ("Maria Sophia - Utriusqve Siciliae Regina"), død 1925, samt deres 3-måneders gamle barn Maria Cristina Pia di Borbone, der døde i 1870.

Til højre herfor ses en porcelænsskulptur af Madonna iført en rigt broderet silkeklædning og bærende på Jesus-Barnet, et eksempel på raffineret napoletansk teknik i 1700-tallet. (se foto af Alvaro de Alvariis).

På sidevæggene i Apsis ses 2 små korbalkoner i malet træ og stuk. De blev udført af Antonio Cipolla i forbindelse med et besøg i Kirken af Ferdinand II's hustru Maria Cristina. I en forgyldt niche står to 1800-tals statuer af Pave Pius IX og af San Vincenzo Pallotti.

Apsiskuplen er bemalet med felter af blå himmel med stjerner.

Sakristiet:

Fra døren i venstre side er der adgang til Sakristiet, hvor man kan se et stort skab fra 1700-tallet og et Krucifiks fra samme tid, udført i træ og stuk, samt malet og forgyldt. Endelig er der en håndvask i marmor fra 1600-tallet. Den består af en rektangulært bassin med låg, hvorpå der er en skulptur af Helligånden, måske udført af Cosimo Fanzago.

Venstre side:

Det 3. - og øverste - Kapel i venstre side er Cappella di San Gennaro. Altertavlens motiv er netop denne helgens martyrium, malet af Luca Giordano i 1702-1703. Maleriet anses for et af malerens sene hovedværker. (se foto af Alvaro de Alvariis).

Det 2. Kapel i venstre side har på alteret en gammel fresko, som tilskrives Antoniazzo Romano, der skal have malet den omkring 1494-1496 som et votivbillede til et lille gadealter, som hang på muren på hjørnet af Via Giulia og Via di Sant'Aurea. Herfra er billedet, som anses for undergørende, blevet taget ned og overført til Kirken (se foto af Alvaro de Alvariis). Kapellets alteropbygning er udført i forskellige marmorsorter og -farver (se foto af Alvaro de Alvariis).

Det 1. Kapel i venstre side kaldes også Cappella di San Tommaso d'Aquino, da altertavlen forestiller Thomas af Aquinas mellem sine følgere. Den er udført af Domenico Muratori omkring 1720. På Kapellets venstre sidevæg sidder et gravmæle for Pietro Corso med en smuk marmorbuste af den afdøde. Det dateres til omkring 1680. (se foto af Alvaro de Alvariis).

Kirkens indgangsvæg:

har en lang korbalkon i hele rummets bredde, men i den midterste del trukket frem og båret af 4 kraftige marmorsøjler. Orgelet, som står heroppe, er fra 1880. Sidevæggene, der flankerer indgangsdøren, er som resten af Kirken beklædt med marmorplader i mange forskellige farver (se foto af Alvaro de Alvariis).