Selvom nutidens Kirke først blev bygget i perioden 1560-1564, er den kirkelige tradition på stedet meget ældre og starter med en lille kirke, som engang før 1000-tallet blev bygget i ruinerne af det antikke anlæg Crypta Balbi. Anlægget var omgivet af store søjlegange og lå i tilknytning til det mod vest stående Theatrum Balbi.

Kirken og det tilknyttede Kloster skal være anlagt af områdets betydeligste familier, hvis navne er overleveret i en pavelig bulle fra 1191: Gratianus, Gregorius, Domina Rosa og Imilla. Kirken var muligvis først viet til San Lorenzo og derpå til Santo Stefano og Jomfru Maria og kendes mest under navnet Santa Maria Dominae Rosae in Castro Aureo. Castrum Aureum var det middelalderlige navn for den befæstede bydel, som var opstået i de gamle ruiner.

I 1536 overlod Pave Paul III Kirke og Kloster til Jesuiter-Ordenens grundlægger Sant'Ignazio da Loyola, som lod bygge et hus, hvori fattige pigebørn, der ikke havde andre muligheder for at klare sig selv i datidens Rom end prostitutionen, kunne få husly og kost, samt undervisning i de færdigheder, der krævedes af en god hustru. Gavmilde sponsorer sørgede for at forsyne pigerne med en lille medgift, så de kunne godt blive et attraktivt valg for en mand, som var på udkig efter en ferm og dydig pige som livsledsager. Til at styre dette pigehjem oprettede Sant'Ignazio en religiøs hjælpeorganisation kaldet "Compagnia delle Vergini Miserabili Pericolanti": "Selskabet for de stakkes jomfruer i fare". Denne forening tog fastere form, efter at Kardinal Pietro Carafa blev Pave under navnet Paul IV i 1555, og Kardinal Federico Cesi blev dens gavmilde sponsor.

Det var efter ønske af denne Kardinal, at den gamle Kirke i perioden 1560-1564 blev revet ned og den nye Kirke opført på nabogrunden lidt længere mod sydvest, mens nye bygninger til Kloster og pigehjem opførtes mod vest (ud mod Via Caetani) på et område, som tidligere udgjorde en lille plads foran indgangen til Santa Maria-Kirken. På kortet nedenfor ses den gamle Kirke som nr.3 og den nye Kirke som nr.5:

Den nye Kirke, som viedes til Santa Caterina d'Alessandria, blev tegnet af Guido Guidetti, var elev af Michelangelo. Den fik kun ét skib, hvor den gamle Kirke havde haft 3. Men det nye skib har i hver side 3 dybe nicher til kapeller.

Kirkens nye tilnavn "dei Funari" stammer fra de "funari", rebslagere, som arbejdede i de åbne områder i kvarteret. Kirken kaldes også Santa Caterina della Rosa dei Funari.

I årene efter at selve kirkebygningen var rejst, tilføjedes Kirkens udstyr: stole hvor kvinderne kunne sidde, et forgyldt tabernakel (i 1565) og lysestager i sølv. Stukdekorationerne ved siden af højalteret synes at være udført på et senere tidspunkt.

Kapellerne indrettedes efterhånden:

Allerede i 1565-1566 udførte Jacopo Barozzi, kaldet "Il Vignola", det rigt dekorerede midterste kapel i højre side for Filippo Ruiz. Girolamo Muziano malede altertavlen inden 1592, mens sidemalerierne blev udført af Federico Zuccari inden 1609.

Kort herefter fik familien De Torres overdraget et kapel øverst i Kirkens venstre side. Man lod arkitekten Tiberio Calvagni tegne den rigt udsmykkede niche med forgyldte stukrammer, - kassetter og -krummelyrer rundt om runde, ovale og firkantede malerier af Marcello Venusti, som udførte disse på skiferplader omkring 1573.

Canuto-Kapellet, det første i venstre side, blev overladt til Biskop Andrea Canuto i 1583. Han lod det dekorere rigt med forgyldte stukkassetter og maleri i loftsskuplen, marmorbeklædning med malerier på siderne og et smukt marmoralter med en altertavle af Marcello Venusti. Sidemalerierne er af Girolamo Nanni, der overtog Kapellet og fuldendte udsmykningen efter Biskoppens død i 1610.

Det øverste kapel i højre side kaldes Cappella Solano og udsmykningen bekostedes muligvis af en ellers ikke omtalt Soloni- eller Solani-familie, eller muligvis af Della Vetera-familien, hvis våbenskjold ses på balustraden foran nichen. Kapellet er tegnet af Ottavio Nonni, kaldet "Il Mascherino", i slutningen af 1500-tallet.

Bombasi-familiens kapel, det første i højre side, blev i 1599 overladt til Gabriele Bombasi, som i perioden 1597-1600 havde ladet det udsmykke med en altertavle af Annibale Carracci.

Santa Caterina dei Funari er blevet restaureret flere gange i nyere tid.

Litteratur om Kirken Santa Caterina dei Funari:
Armellini, Mariano: Le Chiese di Roma dal secolo IV al XIX / di Mariano Armellini. Pubblicato dalla Tipografia Vaticana, 1891. (Internetudgave - også på engelsk!)
- side 567.
Crypta Balbi, guida / a cura di Laura Vendittelli. - Milano : Electa, 2012.
- side 22-23, m.fl.
Delli, Sergio: Le strade di Roma. Newton Compton editori, 1975.
- side 421-422.
La Grande Guida dei Rioni di Roma. 2.edizione. Newton Compton editori, 2001.
- side 754-757.
Guide Rionali di Roma. - Roma : Fratelli Palombi Editori.
--- Rione XI S.Angelo - 4. edizione riveduta e ampliata / a cura di Carlo Pietrangeli. - 1984. ------- side 80-82.
Hülsen, Christian: Le Chiese di Roma nel Medio Evo / di Christian Hülsen. Firenze, Olschki, 1927. (Internetudgave - også på engelsk!)
- side 331 : S. Mariae Domnae Rosae.
Lanciani, Rodolfo: Forma Urbis Romae. 1. Ristampa. Roma, Edizioni Quasar, 1990-2007.
- kort nr. 21 (før de nyeste fund).
Le 100 meraviglie di Romas. - Newton Compton Editori, 1990.
- Vol.10: Piazza Mattei.
Lombardi, Ferruccio: Roma - le chiese scomparse. Fratelli Palombi Editori, 2.ed. 1998.
- side 288.
Massimilla, Simone: Chiesa di S. Caterina della Rosa dei Funari : Restauro delle Capelle / a cura di Christian Rosolino, Aleksandra Filipovic. - Roma : Palombi Editori, 2011. - ( Conoscere: Il percorso delle fonti. - Quaderno 1).
Rendina, Claudio: Le chiese di Roma. Roma, Newton Compton editori, 2007. (Tradizioni italiane, 62)
- side 61-62.
Roma Sacra : guida alle chiese della città eterna. 14. itinerario - . Elio de Rosa editore, 1998.
- side 27-30.
Zeppegno, Luciano: Le chiese di Roma. Newton Compton editori, 1975.
- side 142.
Alvaro de Alavariis' fotostream på Flickr: S. Caterina de' Funari.
060608.it: Santa Caterina dei Funari.
Info.roma: Santa Caterina dei Funari.
poloromano.beniculturali.it: Chiesa di Santa Caterina dei Funari.
Romanchurches.wikia.com: Santa Caterina dei Funari.
Romeartlover: S. Caterina dei Funari.
Wikipedia (engelsk tekst): Santa Caterina dei Funari.
Wikipedia (italiensk tekst): Chiesa di Santa Caterina dei Funari.
Wikipedia (tysk tekst): Santa Caterina dei Funari.