Går man ned ad trapperne fra den nuværende kirke San Clemente fra det 12. århundrede, gennem den gamle kirke San Clemente fra det 4. århundrede og endnu en etage ned til det romerske kvarter under kirkerne, kommer man til en udgravet gade fra romertiden. På den ene side ligger det velbevarede Mithras-Tempel, på den anden side en række antikke beboelseshuse. Her lå et hus, der tilhørte en vis Clemens, der måske var i familie med konsulen og martyren Titus Flavius Clemens, der levede samtidig med helgenen. Det lader til, at et af værelserne i huset var indrettet til de kristnes sammenkomster fra slutningen af det 1. eller begyndelsen af det 2. århundrede. Her lå det første bedehus: "Titulus Clementis".

Senere, da kristendommen efter Kejser Konstantin's sejr ved Ponte Milvio (år 313) ikke længere var forbudt, blev hele Clemens' palads omdannet til kirke til minde om Pave Clemens I, San Clemente.

Alt dette skete før år 384, for vi ved med sikkerhed, at den første indvielse af en kirke til San Clemente fandt sted under Pave Siricius (384-399).

Det, man idag kan se af huset, er kun den øverste del af en imponerende bygning, som brændte under Nero's brand og derefter blev opfyldt for at danne fundamentet til en beboelsesejendom fra det 1. århundrede. De mure, der overlevede fra det gamle hus, bærer nu flere af murene til både den ældre og den yngre kirke.

Det, der blev til hovedskibet i den ældre kirke, var i det 1. århundrede en gård i beboelseshuset. Nogle trappetrin lige overfor indgangen til den lille gang mellem Mithras-Templets forhal og "skole" fører ind i denne gård, som ikke er udgravet.

Man fortsætter gennem forskellige rum ned til hjørnet af bygningen, som ligger under det venstre sideskib i kirken ovenover. Her ligger (ud mod Via di San Giovanni in Laterano, der ligger ca. 9 meter højere oppe!) nogle værelser fra stueetagen i det gamle hus med teglstensgulv i sildebens-mønster og -vægge i "opus reticulatum".

Her findes et udløb fra den sø, som lå under San Clemente. I det andet værelse kan man se, hvordan vandet løber, oprindeligt var det måske en skjult kilde eller en akvædukt, som bragte drikkevand til kvarteret, men nu er den ført ned til Colosseum og ud i Tiberen af Cloaca Maxima.

Det er nødvendigt at gå samme vej tilbage og nå ud til det andet hjørne af huset, hvor der ligger et værelse under den gamle kirkes højre sideskib. Går man ned her, igennem en række beboelsesrum, kommer man ned til en lille katakomb, der blev opdaget i 1938 og indeholder 16 væg-grave, de såkaldte loculi, 8 loculi à ca.2 meters dybde på hver side af rummet. Den er nok indrettet i det 5. eller 6.århundrede. Gennem et gitter ved trappen op kan man se indholdet i en af gravene.

Og her går man så op igen, gennem århundrederne til det 4. århundredes kirke og derfra op til det 11. århundredes og ud i det moderne Rom.