Måske allerede i begyndelsen af 400-tallet indrettedes nogle tidligere lokaler ved den antikke sydgående gade Via Lata (nutidens Via del Corso) til et Diakoni, et sted hvor fattige og nødlidende kristne kunne få hjælp, både i form af "åndelig føde", men også materielt i form af madvarer og basale fornødenheder.

De lokaler, som nu kom til at fungere som diakoni, havde tidligere været brugt til lager- og magasinbygning, en såkaldt "Horreum", der fra det 1. århundrede efter Kristus blandt andet havde bestået af en stor søjlegang, dannet af 4 lange rækker flade søjler, "pilastre", som bar et krydshvælvet loft. En del af det store rum blev i begyndelsen af 200-tallet ved hjælp af en skillemur omdannet til magasinrum, hvori senere Diakoniet indrettedes sammen med et lille kapel, viet til Jomfru Maria.

Desværre kender man ikke det nøjagtige tidspunkt for denne ændring, da Diakoniet først omtales i de skriftlige kilder i begyndelsen af 800-tallet. Arkæologiske fund viser dog, at omdannelsen er sket langt tidligere. Fresker med kristne motiver har dækket murene allerede fra slutningen af 500-tallet, hvor det fortaltes, at San Paolo havde været holdt fængslet i disse bygninger. Historien er dog ikke underbygget af andre kilder. I løbet af 500-, 600-, og 700-tallet blegnede dele af freskerne, der så gentagne gange blev overmalede.

Det er muligt, at der i disse rum allerede i 400-tallet blev grundlagt et af de diakonier, som Kejser Constantin sørgede for at få opbygget i Rom. Diakonierne var centre, der kunne tilbyde mad, badefaciliteter og overnatningsmulighed for menighedens fattige og syge. Diakonierne havde hver tilknyttet et kapel og det er vel dette, som her var viet til Jomfru Maria, der dannede grundlaget for den fremtidige kirke Santa Maria in Via Lata.

Det var de 2 midterste rum i Diakoniet, som omdannedes til kapel, og freskerne i komplekset, som senere blev taget ned og opbevares på museer, stammer fra begyndelsen af 600-tallet.

Første gang, vi møder Diakoniet i de skriftlige kilder, er det ellers omtalt som grundlagt af Pave Sergius I i perioden 687-701, og dernæst som modtager af gaver fra Pave Leo III i 806 og fra Pave Gregor IV i perioden 827-844.

I 845 steg Tiberen over sine bredder og oversvømmede de lavtliggende områder, heriblandt Diakoniet i Via Lata. Dette gentog sig i 856 og 860 og muligvis også andre gange. De gamle bygninger blev tilsyneladende så skadet af disse oversvømmelser, at det blev nødvendigt at genopbygge dem i et højere niveau. 

Man har idag udgravet rummene under Santa Maria in Via Lata og disse kan besøges ved adgang til Krypten fra forhallens venstre side:

(Klik på rummene for at læse en nærmere beskrivelse)

Da Diakoniet blev indrettet (måske allerede i begyndelsen af 400-tallet), blev 2 rum i kornlageret (Horrea) samlet til ét stort rum. Det er de 2 rum, der idag betegnes Rum nr.1 og Rum nr.4, og det nye, store rum kom til at fungere som en forhal til det Kapel, der derefter blev indrettet.
Kapellet dannedes ved at samle 2 lagerrum (de nuværende Rum nr.2 og Rum nr.5) til ét stort rum, som forsynedes med en halvrund, freskobemalet apsis mod øst, beliggende omtrent under Kirkens nuværende hovedindgang. 
De 2 lagerrum, der lå længst mod nord (ud mod nutidens sidegade Via Lata), blev derimod ikke samlet, men kom til at fungere som 2 separate lokaler til opbevaring og kontor (nutidens Rum nr.3 og Rum nr.6).

I Rum nr.7 kan man tydeligt se de flade travertinsøjler fra den gamle porticus fra det 1. århundrede efter Kristus. Store blokke herfra er indmuret i vestvæggen (til højre, når man står i indgangen til rummet). Det er muligt, at der allerede fra begyndelsen har været mure mellem søjlerne. Tufblokkene her stammer fra forskellige tidspunkter og de indsattes nogle steder i det eksisterende murværk.

I perioden 600-tallet til 800-tallet blev forhallen (rummene 1 og 4) og Kapellet (rummene 2 og 5) udsmykket med fresker. I 600-tallet blev der blandt andet malet en fresko af Syvsoverne i Efesos, i 700-tallet scener med Sant'Erasmo's martyrium og i 800-tallet billeder af San Paolo. I begyndelsen af 600-tallet boede her en lille gruppe græske munke, som også efterlod sig nogle enkelte ord i det græske alfabet på Kapellets vægge.

I disse århundreder blev rummene flere gange skadet af Tiberens oversvømmelser og i 1049 lod Pave Leo IX bygge en ny Kirke i et højere niveau.

Litteratur om Santa Maria in Via Lata - Diakoni:
Atlante di Roma Antica : Biografia e ritratti della città / a cura di Andrea Carandini, con Paolo Carafa. - Milano, Mondadori / Electa, 2012. 
- 1 : Testi e immagini. ----- side 509, 522.
- 2 : Tavole e indici: tavola. --- tavola 222 (nr.IX 237) + kort 14 (nr. IX 739)
Coarelli, Filippo: Roma. (Guide archeologiche Laterza). Roma-Bari, Edizioni Laterza, 3.edizione, 2003.
- side 308.
Guide Rionali di Roma. - Roma : Fratelli Palombi Editori.
--- Rione IX Pigna, Parte 3. - 2. edizione / a cura di Carlo Pietrangeli. - 1982. ------- side 48-57.
Pierdominici, Maria Costanza: La chiesa di Santa Maria in via Lata : note di storia e di restauro. Roma, Gangemi editore, 2010.
- side 13-22.
RomArcheologica : guida alle antichità della città eterna. Elio de Rosa editore, 2005.
--- 25.-26. Itinerario: Monasteri e diaconie tra l'età tardoantica e l'alto medioevo. ----- side 113-115.
Roma Sacra : guida alle chiese della città eterna. 2. itinerario - . Elio de Rosa editore, 1995.
- side 43.
Staccioli, Romolo A.: Guida di Roma Antica. Biblioteca Universale Rizzoli (BUR). 8.ed., 2000.
- side 330-331.
Webb, Mathilda: The churches and catacombs of early Christian Rome. A comprehensive guide. Sussex Academic Press, 2001.
- side xxiii, 152-153.
Info.roma: Basilica di Santa Maria in Via Lata. - og: de underjordiske rum.
It.cathopedia.org: Santa Maria in Via Lata (diaconia).
Romanchurches.wikia.com: Santa Maria in Via Lata.
Romeartlover: S.Maria in Via Lata.
Wikipedia (fransk tekst): Église Santa Maria in Via Lata.
Wikipedia (italiensk tekst): Santa Maria in Via Lata.
Wikipedia (engelsk tekst): Santa Maria in Via Lata.
Wikipedia (tysk tekst): Santa Maria in Via Lata.
Fotos: Alvaro de Alvariis: Santa Maria in Via Lata sotterranei (= krypten).
Fotos: Alvaro de Alvariis: Santa Maria in Via Lata det ydre - og det indre.
Fotos: Flicriver.com: Roma ieri, Roma oggi di Alvaro de Alvariis: S. Maria in Via Lata.