Måske allerede i begyndelsen af 400-tallet indrettedes nogle tidligere lokaler ved den antikke sydgående gade Via Lata (nutidens Via del Corso) til et Diakoni. (Et diakoni var et sted hvor fattige og nødlidende kristne kunne få hjælp, både i form af "åndelig føde", men også materielt i form af madvarer og basale fornødenheder.)

Til Diakoniet knyttedes et lille kapel, viet til Jomfru Maria og kaldet Oratorio di Santa Maria (in Via Lata).

Det var de 2 midterste rum i Diakoniet (rum nr.2 og rum nr.5 - se planen nedenfor), som omdannedes til kapel, og freskerne i komplekset, som senere blev taget ned og opbevares på museer, stammer fra begyndelsen af 600-tallet.

Man har idag udgravet rummene under Santa Maria in Via Lata og disse kan besøges ved adgang til Krypten fra forhallens venstre side:

(Klik på rummene for at læse en nærmere beskrivelse)

Da Diakoniet blev indrettet (måske allerede i begyndelsen af 400-tallet), blev 2 rum i det tidligere kornlager (Horrea) samlet til ét stort rum. Det er de 2 rum, der idag betegnes Rum nr.1 og Rum nr.4, og dette nye, store rum kom til at fungere som en forhal til det Kapel, der derefter blev indrettet.
Kapellet dannedes ved at samle 2 lagerrum (de nuværende Rum nr.2 og Rum nr.5) til ét stort rum, som forsynedes med en halvrund, freskobemalet apsis mod øst, beliggende omtrent under Kirkens nuværende hovedindgang. 
De 2 lagerrum, der lå længst mod nord (ud mod nutidens sidegade Via Lata), blev derimod ikke samlet, men kom til at fungere som 2 separate lokaler til opbevaring og kontor (nutidens Rum nr.3 og Rum nr.6).

Diakonierne havde hver især tilknyttet et kapel og i Diaconia di Santa Maria in Via Lata var det Rum nr.2, der først blev indrettet til dette brug. I den forbindelse byggedes der i åbningen ud mod Via Lata (nu Via del Corso), mellem de 2 pilastre, en lille halvcirkelformet apsis med en diameter på 1,40 meter. Denne, som befandt sig omtrent der, hvor senere Kirkens hoveddør fra forrummet idag findes, blev først opdaget i 1961, da den var blevet nedlagt og østvæggen tilmuret i 1400-tallet.

Apsiden var freskobemalet og lidt af denne dekoration kan stadig anes i væggens yderkanter, hvor der ses 2 helgeninder med glorie i farverne grøn, rød, gylden og sort. Disse billeder skal være de første eksempler på original romersk kunst fra Pave Leo IX's tid (1049-1054). Nogle daterer dem dog 100 år senere. Over helgeninderne ses nogle hvide bogstaver: "Iu(li)anes" til højre for Santa Giuliana og "Iust(i)nes" til venstre for Santa Giustina. I gloriernes røde ramme ses noget af en anden indskrift: "(ren)ovari fecit a(nno)": "lod dem renovere i året", som må være en del af en mindeindskrift i den tilmurede apsis. Under helgeninderne anes en ældre bemaling med en række ens klædte personer i tunica med røde kors i hånden. De forestiller måske de 40 martyrer fra Sebaste ("Quaranta martiri di Sebaste in gloria").

I perioden 600-tallet til 800-tallet blev forhallen (rummene 1 og 4) og Kapellet (rummene 2 og 5) udsmykket med fresker. I 600-tallet blev der blandt andet malet en fresko af Syvsoverne i Efesos, i 700-tallet scener med Sant'Erasmo's martyrium og i 800-tallet billeder af San Paolo. I begyndelsen af 600-tallet boede her en lille gruppe græske munke, som også efterlod sig nogle enkelte ord i det græske alfabet på kapellets vægge.

Ved udgravningerne i 1904-1905 fandt man i det syd-østlige hjørne (til højre for indgangen) rester af fresker fra 3 forskellige perioder. Disse blev nedtaget i 1960 og er i dag udstillet i Crypta Balbi-Museet.
Det ældste lag viste under resterne af en lang klædning og kappe et par nøgne fødder i sandaler. Det er muligt, at den person, som de tilhørte, har skullet forestille en præst i en gul tunika med sort kappe. Figuren er gengivet i mere end naturlig størrelse.
Af det næste bemalede lag er der kun 2 par fødder tilbage.
På det nyeste og øverste lag kan man se en person, som med tildækkede hænder viser 2 fisk frem. Over fiskene kan man skelne en hånd, som rækker ud efter dem og nedenunder hånden 2 fødder og 3 kurve. Man mener, at dette billede skal forestille Jesus der forvandler 7 brød og 2 fisk til mængder, der kan mætte en stor folkeskare (Markus-Evangeliet 8,1-9), og at de afbildede personer er Apostlen Filip og Kristus, som tog fiskene med sin venstre hånd og brødene med sin højre hånd.
De ældre lag kan tolkes på samme måde og man mener derfor, at der er tale om det samme tema, som er malet ovenpå og ovenover hinanden efterhånden som gulvniveauet hævedes og dekorationen derfor måtte højere op.

Indgangsbuen var også bemalet og i den østlige del fandt man en række runde felter med apostle og profeter. De bedst bevarede forestiller Guds Lam mellem Alfa og Omega, samt helgenerne San Paolo og San Pietro. De findes nu på Istituto Centrale del Restauro. Loftshvælvingen var ligeledes dækket med fresker. I midten var der et rundt felt med Jomfru Maria og Barnet og på hver side var der malet soldaterhelgener. De runde felter anses for at være blandt de ældste af rummets fresker, endog ældre end vægfreskernes ældste lag.

I disse århundreder blev rummene flere gange skadet af Tiberens oversvømmelser og i 1049 lod Pave Leo IX bygge en ny Kirke i et højere niveau.