Krypt-rummet i Kirken Santi Bonifacio e Alessio er rektangulært med en apsis, der følger Kirkens, og 4 vinduer mod vest, et på hver side af apsisbuen og et i hver side af denne. Det er muligt, at dette rum ligger på det sted, hvor den tidligere kirke fra det 10.-11.århundrede lå, og at det derpå i det 12.århundrede er blevet omdannet til krypt og underjordisk kirkegård for munkene. I det 17.århundrede ved man, at der blev bygget en trappe, måske har man tidligere blot brugt en træstige, hvis man skulle ned til gravkammeret. Senere har rummet undergået flere restaureringer og de 2 nuværende trapper er sikkert bygget eller ombygget i det 18.århundrede.

For enden af den højre trappe er der opsat en sten med indskriften "SANCTORUM / BONIFACII MARTYRIS / ET ALEXII CONFESSORIS / SACRA CONFESSIO" til minde om de 2 helgener, som er begravet under højalteret.

Rummet har krydshvælvet loft, der støttes af 10 søjler med kvadratiske kapitæler. Langs væggene løber en stenbæmk, som måske blev opsat eller hævet i det 18.århundrede.

I apsis står noget, der ligner en gammel bispestol, men man kender ikke møblets oprindelse, ligesom der er problemer med at datere det nøjagtigt. Det består af 2 hvide marmorplader i bueform, der er dekoreret på den ydre side. Den højre med mønsteret "løbende hund" (=dekorationsmønster bestående af s-lignende figurer, der kan minde om bølger, som er ved at kamme over (www.antikabc.dk)) inde i en dobbelt ramme, samt andre dekorative elementer såsom bånd, blomsterblade og liljer. Den venstre har også "løbende-hund"-mønster i kanten og på midten et flettet motiv, samt liljer og geometriske former. Marmorpladerne mener man at kunne datere til det 10.århundrede, men de stammer fra noget andet end en stol, måske fra en alteroverbygning. De blev først samlet og opsat i kryptens apsis i det 19.århundrede. En tilsvarende marmorplade findes indmuret i muren til Klosterhaven.

På væggen mellem trapperne - og modsat apsis og bispestol - står, på det sted der svarer omtrent til Kirkerummets højalter, et lille kapel, der ifølge traditionen stammer fra det 13.århundrede, hvor det blev opført efter afslutningen af en længere strid mellem kannikerne ved Peterskirken og munkene ved Santi Bonifacio e Alessio om, hvem af de 2 parter, der var i besiddelse af de 2 helgeners lig.

I 1217 fandt man i krypten resterne af helgenerne og Pave Honorius III lod derfor Kirken genvie og året efter lod Kardinal Pelagio Calvani bygge et nyt alter i krypten til minde om det vigtige fund. Det nye alter blev viet til San Tommaso di Canterbury og væggene i det lille kapel omkring det blev smukt dekorerede med fresker.

Man har dog aldrig fundet nogen dokumenter, der kan bevise, at dette kapel er så gammelt, som traditionen vil. Måske er det i virkeligheden først blevet indrettet i slutningen af det 16.århundrede, da Kardinal Gonzaga lod bygge den nye monstrans til Kirkens højalter og man derfor var nødt til at opføre nogle støttevægge i krypten nedenunder.

Det er også muligt, at kapellet i starten kun havde ensfarvede røde vægge og at freskerne først kom til under Kardinal Ottavio Paravicino i årene 1592-1611.

Desværre var freskerne i så dårlig stand, inden restaureringen i slutningen af det 20.århundrede, at man ikke kunne give en nøjagtig datering, men man kendte deres udseende fra fotografier i Fototeket i Biblioteca Hertziana i Rom og kunne derfor genskabe dem, så de idag står meget flotte og klare.

To trappetrin mellem to søjler, der bærer en pudset bue, fører ind i rummet. Først gennem en bue i en pudset mur med rødmalede kanter. Over buen er der til højre en medaljon med San Pietro og til venstre en med San Paolo. Mellem disse er der en tom firkantet fordybning med rød ramme.

Indenfor viser frisen til højre en medaljon med Kristus og på hver side er der en tilbedende engel. På de flade søjler nedenfor ses 2 Benediktiner-abbeder med kvadratiske glorier, hvilket skal fortæller, at de var i live, da billederne blev malet. De identificeres som Angelo, Abbed fra 1217, og Nicolaus, Abbed fra 1218. Den venstre Abbed holder i højre hånd en hyrdestav og i venstre hånd et skriftbånd, mens den højre Abbed holder en model af Kirken. Derfor er der nogle historikere, som mener, at denne figur istedet skal tolkes som Pave Paschalis II.

På de øvrige flade søjler der der malet forskellige helgenfigurer og en biskop. I kapellets loft ses evangelisternes symboler i siderne og i midten "Agnus Dei" ("Guds Lam"). I den lille apsis for enden af kapellet er der en fresko med Madonna siddende på tronen med Jesus-Barnet mellem helgenerne Bonifacio og Alessio. Den stammer sandsynligvis fra det 14.århundrede, men er opfrisket flere gange siden.

På væggene i selve krypten er der fresker af biskopper og nonner, der sikkert stammer fra det 17.århundrede. Man mener, at disse billeder forestiller nogle af de tidligt kristne, som boede og samledes på Aventin, hvor San Gerolamo underviste adelige fromme kvinder (Eustochio, Melania, Paola, Marcella, Fabiola med flere) i kristen livsførelse i årene 382-385. De 5 biskopper skulle derfor være: Atanasio, Epifanio og Paolino, samt Gerolamo selv, som er malet i apsis over bispestolen. Han genkendes på grund af løven ved hans fødder. En inskription på den højre endevæg ved trappens fod minder om Adalberto, der var Biskop i Prag og på besøg i Klosteret i slutningen af det 10.århundrede.

På kryptens nordvæg ses en af nonnerne i en positur, der tydeligt hører til Modreformationen, som havde en stor tilhænger i Kirkens Kardinal Paravicino. Efter malestilen at dømme mener man, at freskerne kan være udført af Vincenzo Manenti efter 1631, på det tidspunkt hvor Kardinal Guidi Di Bagno lod krypten restaurere.

En søjle i krypten skulle ifølge legenden være den, ved hvilken San Sebastiano var bundet, da han blev torteret med pileskud.