Det er nemlig langt fra sikkert, at anlægget har været anvendt som
marked. Under udgravningerne i 1930'erne udlagde arkæologen Corrado Ricci fundene som et kompleks af taberner og
markedshaller, men i den senere tid hersker der tvivl om, hvorvidt denne tolkning er rigtig. En indskrift fundet i haven ved
Torre delle Milizie omtaler en "procurator Fori Traiani". Og forskerne hælder efterhånden mere til at udlægge komplekset som en del af selve
Forum-anlægget, hvortil der jo var knyttet mange funktioner af administrativ, juridisk, religiøs og kulturel art. Det er dog også muligt, at de øverste og mere afsidesliggende rum har huset disse kontorer, mens de rum, der var lettilgængelige fra de forskellige gader, der løb igennem komplekset, har været anvendt som forretningslokaler, taberner.
Nogle forskere mener iøvrigt, at bakkekammen oprindeligt var dækket af beboelseshuse i flere etager, de såkaldte insulae, som blev ødelagt af den store brand under Nero i år 64 efter Kristus og derfor lettere kunne rives ned, da Trajan's byggeplaner tog fart.
Der er imidlertid også delte meninger om, hvorvidt det var Trajan, der var ophavsmand til disse planer. Visse kilder angiver Kejser Domitian (81-96 efter Kristus) som manden, der fik idéen, og dette understøttes af nogle bygninger, som ligger under Casa dei Cavalieri di Rodi og som stammer fra Domitian's tid. Det er da heller ikke utænkeligt, at arbejdet startede under denne Kejser, men derpå gik i stå efter hans død, hvor Riget også var i en voldsom økonomisk krise, som først lettede efter Kejser Trajan's sejre i de dakiske krige.
TRAJAN'S MARKED OP IGENNEM TIDEN:
Hvorledes det store og komplicerede anlæg holdt sig i den kaotiske tid, da "barbarerne" væltede ind over Rom og senere den lange gotisk-byzantinske krig hærgede byen, hvor mange områder blev sat i brand eller ødelagt og hvor vandforsyningen blev forstyrret og næsten forsvandt, ved vi ikke. Men det er muligt, at en gotisk hærafdeling blev indkvarteret her, mens deres leder Flavius Ricimerus styrede Riget i 457 til 472. Goterne holdt i hvert fald til i den nærliggende kirke Santa Agata dei Goti.
Senere, under den byzantinske Kejser Tiberius II Constantinus (578-582), hvor longobarderne mere og mere tog herredømmet på den italiske halvø og også nåede frem til at hærge i landskabet omkring Rom, så der opstod hungersnød i byen og man fra Byzans måtte beordre skibe afsendt fra Ægypten med kornforsyninger, blev den byzantinske milits indkvarteret i Markedskomplekset. Heraf opstod stednavnet "de Militiis", da Kejser Tiberus' hær, Militiae Tiberianae, dominerede området. Det blev brugt som tilnavn til forskellige kirker i kvarteret, for eksempel skal der ved Via Biberatica have ligget en kirke viet til Sant'Abbaciro og ud mod Salita del Grillo kirken San Salvatore de Militiis.
I det 10.århundrede mener man, at stednavnet Magnanapoli måske er opstået som en sammentrækning og forvanskning af ordene "banneum" og "neapolis", der betyder "skiltning/opslag (for den) nye (militær)fæstning". En anden forvanskning blev til Balnea Pauli (Paulus' Badeanstalt), som var det navn, folkeviddet gav den halvcirkelformede rumrække i Markedskomplekset, efter at dettes oprindelige anvendelse åbenbart var gået i glemmebogen. Senere var der også dem, der hævdede, at halvcirkelen stammede fra en teaterbygning.
Det var sandsynligvis i det 13.århundrede, at rester af mure fra den øvre del af Trajan's anlæg blev ombygget til et fæstningstårn, som også fik tilnavnet "de Militiis". På dette tidspunkt var også de andre ruiner blevet inkorporeret i de befæstede anlæg, som datidens mægtige - og krigeriske - familier lod opføre, når de stredes om magten i byen. En vis Pandolfo della Suburra skal have bygget Torre delle Milizie, mens Annibaldi-familiens medlemmer fik titlen "Dominus Militiarum" eller "de Militiis". Senere skiftede magten i området til Caetani-familien, der befæstede ruinerne der nu kaldtes "Castello dei Caetani", og derpå til Orsini-familien. Ud mod Via Biberatica kan man se rester af murværk i tuf, mens det øvrige byggeri er udført i teglsten. Tufmuren er opført i Middelalderen, da man udbyggede de tidligere mure til fæstning.
Den store indgangshal til Markedskomplekset (ved nutidens Via IV Novembre) brugtes stadig i det 13.århundrede. I et dokument fra 1238 kaldes den "Thermae de Paliaris" og sammenholdes med Nicolò degli Arcioni's hus, der må have været bygget ind i nogle af ruinerne.
I 1348 ødelagdes den øverste del af Torre delle Milizie af et stort jordskælv, som måske også har skadet det øvrige kompleks.
I 1500-tallet var den almindelige opfattelse af de resterende ruiner, at de stammede fra et antikt badeanlæg. På dette tidspunkt ejedes området antageligt af Conti-familien, som i 1573/1574 solgte nogle huse ved Monte Magnanapoli til Suor Maria Vittoria Massimi, der havde til hensigt her at opføre et Kloster for Dominikaner-nonner. i 1628-1641 udvidedes Klosteret og der opførtes en større Kirke viet til Santa Caterina da Siena.
Størstedelen af Klosteret var bygget ovenpå og i ruinerne af Trajan's Marked og det meste blev revet ned, da de antikke bygningsdele blev fritlagt. I dag er der kun en lille del af klosterbygningerne tilbage ud mod Salita del Grillo. Træerne fra den gamle klosterhave kan ses bag muren ud til Via IV Novembre og herinde rager også ruinen af Torre delle Milizie op.
Først i begyndelsen af det 19.århundrede, under den franske regering i Rom, begyndte man at tale om at udgrave de antikke bygninger og både Trajansøjlen og Basilica Ulpia samt dele af det, man senere tolkede som et markedskompleks, blev fritlagt.
Senere fortsatte dette arbejde, da området blev ryddet for at anlægge paradegaden Via dell'Impero, nutidens Via dei Fori Imperiali, hvorved også dele af Trajan's Forum - såvel som af de øvrige Kejserfora - kom for dagen. Under udgravningerne blev ruinerne voldsomt, og ikke altid lige nænsomt eller heldigt, restaureret og dette vanskeliggør idag den korrekte tolkning af stedets karakter og formål.
