Kirkens facade og hovedindgang ligger ud til Piazza Benedetto Cairoli. Til højre for Kirken ligger det tilknyttede Kloster, Convento og Casa Generalizia dei Chierici Regolari di San Paolo, der strækker sig ud til sidegaden Via Giovanni Borgi. Kirkens højre side er således sammenbygget med Klosteret. Kirkens venstre side rejser sig derimod frit mod sidegaden Via del Monte della Farina, hvor muren er pudset op og markeret med 3 store buer, hvoraf de 2 yderste har mindre halvcirkelformede vinduer øverst. Over den brede frise, der går igen på Kirkens facade, ses yderligere 3 høje vinduer, der giver lys til kirkerummet.

Selve facaden, som er tegnet af GIovanni Battista Soria, er opbygget i 2 etager med 3 "afdelinger", hvoraf de 2 yderste er ganske smalle og let tilbagetrukket i forhold til den brede midterdel, der yderligere krones af et trekantet gavlfelt på toppen. Den lyspudsede facade er yderligere varieret ved brug af høje, brede, flade søjler med korinthiske kapitæler, som flankerer den høje indgangsdør og de to mindre sidedøre.

Over hovedindgangen er der en frise med Kardinal Leni's våben, der viser 3 korte knortekæppe mellem 2 kerubhoveder, under et trekantet gavlfelt, der indeholder endnu et kerubhovede, og herover en rektangulær stukramme med et højt, ovalt maleri. Over hver af sidedørene er der et mindre halvcirkelformet gavlfelt og højere oppe blændede stukrammer. De tilbagetrukne sidefelter har nederst en tom niche under et trekantet gavlfelt og øverst et højt vindue i stukramme.

Maleriet viser San Carlo Borromeo i bøn. Det er en kopi af den oprindelige fresko af Guido Reni, som blev fjernet i 1651 og ophængt inde i Kirken. Over maleriet ses helgenens motto "humilitas" (ydmyghed). På hver side ses Kardinal Leni's våben over de blinde vinduer mellem kapitælerne, der bærer en bred frise med indskriften "Io. Baptista . S.R.E. Cardinalis Lenius . Archipr. Lateran. A. MDCXXXV" ("Kardinal Giovanni Battista Leni, Ærkepræst ved Laterankirken, År 1635") under en kraftigt fremspringende gesims.

........
cop. Leif Larsson

Facadens øverste etage er opbygget på samme måde: de tilbagetrukne sidefelter har også her tomme nicher under vandrette overliggere og endnu en lille tom niche. Midterpartiet består af 2 høje, rektangulære vinduer under trekantede gavlfelter, der flankerer en høj dør bag en marmorbalustrade og under et halvcirkelformet gavlfelt. De flade søjler, der også bruges heroppe på bygningens hjørner og mellem de forskellige dele, har her kompositte kapitæler, der bærer en bred frise under den gesims, der afslutter sidefelterne og bærer det øverste, midterste gavlfelt, som endnu en gang danner ramme om Kardinal Leni's våbenskjold.

Kirkens kuppel er tegnet af Rosato Rosati og bygget som sidste del af kirkebygningen i perioden 1612 til 1620. Der er 12 vinduer i den høje tambur (partiet i en kuppelbygning som danner overgang fra underbygningen til selve kuplen). Vinduerne har buet overkant og flankeres af smalle søjler. Mellem disse er der dobbelte brede, flade søjler med joniske kapitæler under en række smalle friser. Et bredt tagudhæng danner bund for endnu 12 vinduer, der her er blinde, hvorefter selve kuplen rejser sig med små runde vinduer mod toppen, der samles i lanternen, den øverste runde bygning, bestående af skiftevis 12 smalle vinduer og 12 smalle søjler, der krones af endnu en lille løgformet kuppel med et kors i toppen. Kuplen er svær at se fra pladsen, men kan ses på afstand, f.eks. fra Via Arenula. Kirken har ingen kampanile, men det tilstødende Kloster har en lille klokkestabel på taget.

KIRKENS INDRE:

Kirkerummet er i ét skib med 1 stort og 2 små kapeller i hver side. Oprindeligt var det Rosati's mening, at kirken skulle have grundform som et græsk kors med lige lange arme, men senere ændrede han planen og tilføjede et presbyterium og en apsis. I Kirken er der et gyldent lys på grund af de forgyldte stukdekorationer og de gult oppudsede flade søjler, som deler rummet mellem kapellerne. Søjlerne har korinthiske kapitæler, som også er forgyldte. De bærer en bred frise i flere farver under en markant fremspringende gesims, hvorover kuplen og kapellernes tøndehvælv rejser sig.

Kuplen er udsmykket af Giovanni Giacomo Semenza, der var elev af Guido Reni. Han malede i 1626 den "Gud Fader", som findes øverst i kuplen, men den blev senere overmalet af Francesco Coghetti i 1818, efter at et lyn havde ramt Kirketaget og ødelagt det oprindelige maleri. Kuplens sidemalerier påbegyndtes muligvis også af Semenza, men snart overgav Kardinal Scipione Borghese, der var eksekutor for Kardinal Leni's testamentariske gave, opgaven til Domenichino, som mellem 1629 og 1630 malede de 4 Kardinaldyder i selskab med beslægtede Dyder. Disse optræder i par - set fra højre og mod uret: Styrken og Selvbeherskelsen samen med et lille englebarn, der bærer San Carlo Borromeo's motto, Selvbeherskelsen er symboliseret ved en und mand, der holder en løve i skak; Retfærdigheden og Barmhjertigheden; Visdommen og Tiden, der symboliseres af en gammel kvinde med et timeglas; og Tålmodigheden og Dyden symboliseret af en en ung kvinde med en enhjørning og en kamel der klogt gemmer sit drikkevand. Maleren har her også lavet en henvisning til Kirkens velynder San Carlo Borromeo, der i sit våben netop havde både en tøjle, en kamel og en enhjørning.

I tøndehvælvene rundt om kuplen er der kassettelofter med forgyldte rammer og rosetter, blomstermotiver og Kardinal Leni's våben, de 3 knortekæppe.

Det første kapel i højre side er idag Cappella di San Paolo, men var tidligere viet til San Biagio. I 1683 fik Costaguti-familien det tildelt som gravkapel og i 1698 lod familiens Kardinal Giovanni Battista arkitekten Simone Costanzi stå for udsmykning og ombygning, som strakte sig til 1702. Balustraden blev dog først sat op i 1778.

Buen, der danner indgang til Kapellet, er dekoreret med guirlander i forgyldt stuk med Costaguti-familiens våben øverst. Kapellets loft udgøres af en lille ellipse-formet kuppel, der er bemalet med religiøse sentenser og vers og hvide stukrelieffer med guirlander og blomsterranker. Øverst i den lille lanterne er en fresko med Helligånden i form af en due. Væggene er dækket af kostbare marmorsorter i mange farver adskilte af flade søjler med korinthiske kapitæler, som er udført i stuk og derpå forgyldt.

Alteret består af alabast og marmor af typen Verde antico. Herover hænger altertavlen, en "Bebudelse" ("Annunciazione") fra ca. 1624 malet af Giovanni Lanfranco. Kapellet kaldes derfor også "Cappella dell'Annunciazione". Maleriet hørte oprindeligt til Kardinal Costaguti's samling, men han ønskede det ophængt her i familie-kapellet. Kardinalen er selv begravet under gulvet, mens der på sidevæggene er opsat 2 mindetavler for hans broder, Kardinal Vincenzo Costaguti. Det er ovale tavler i rosso antico-marmor omkranset af familiens våben og små engle. På venstre væg ses desuden et stort trækrucifiks fra 1600-tallet. Det hang oprindeligt over alteret i det 3. kapel i højre side, der idag er viet til Santa Cecilia.

Cop. Bo Lundin

Det andet kapel i højre side er Cappella di San Biagio. Det er bredere end kapellerne på hver side og udgjorde efter den oprindelige tegning den højre korsarm af et græsk kors. Kapellet blev i 1671 overdraget til Kardinal Giuseppe Assalonne mod at han bekostede opførelsen af et alter efter de tegninger, som Carlo Rainaldi havde udført for Barnabiterne. Alteret er opsat under en stor bue, hvor der er et maleri af 2 engle, udført ca. 1860 af Ercole Ruspi. Altertavlen forestiller San Biagio's martyrium, den er malet af Giacinto Brandi og erstattede i 1677 et andet maleri af Giovanni Domenico Cerrini, som senere er forsvundet.

Det tredie kapel i højre side er Cappella di Santa Cecilia. Det blev i 1685 overdraget til musikskolen Accademia di Santa Cecilia, der hermed fik til opgave at udsmykke rummet efter Carlo Rainaldi's tegning. Efter Rainaldi's død i 1691 overgik opgaven til maleren og arkitekten Antonio Gherardi, der allerede i 1688 havde fået bestilling på et altertavlemaleri. Brug af flere vinduer i kuplen giver rummet det særlige lys. En balustrade med 3 musicerende engle og et englebarn i stuk (udført af Lorenzo Ottoni) er anbragt under kuplen, hvor der øverst er et maleri af Helligåndens due sammen med Santa Cecilia. Loftsrummet er iøvrigt fyldt med masse andre små engle bærende forskellige symboler og guirlander, palmer og blomsterranker. Mange af disse menes udført af Michel Maille, som også har lavet den knælende engel over alteret. Trækorset er muligvis tilføjet senere. Altertavlen med Gherardi's maleri af Santa Cecilia er indsat mellem dobbeltsøjler med joniske kapitæler. Buen, der danner indgang til kapellet har på undersiden udsmykning med malerier af Giovanni Lanfranco.

I den ene side af kapellet står Rosa Giovannetti's grav. Der er for tiden en helgenkåringsproces i gang, som startede i 1963. Den unge kvinde døde i 1929 som blot 32-årig. Mens hun levede, var hun cellist i orkestret ved Teatro dell'Opera. Men derudover levede hun for velgørenhed og fordybelse i religionen. Hun blev først begravet på Campo Verano-kirkegården, men senere blev hendes kiste flyttet til San Carlo ai Catinari og indsat i en sarkofag fra det 5.århundrede, som fandtes i gravområdet under Vatikanet.

cop. Bo Lundin

På kapellets venstre væg er der en tilgitret dør ind til det lille sidekapel, som samtidig er det fjerde kapel i højre side:
Cappella della Madonna della Divina Povvidenza, som er bygget i 1840-tallet af Luigi Boldrini:

.
.
cop. Bo Lundin

På kapellets alter ses et maleri af Madonna della Divina Provvidenza, en Madonna-type som Accademia di Santa Cecilia anser for deres guddommelige beskytter. Maleriet er en kopi af Scipione Pulzone's Madonna-billede. Kopien er udført af Pietro Valentini i 1732, mens originalen, som Barnabiterne fik forærende i 1664, idag findes i deres Kloster. Det originale maleri anses for at udvirke mirakler og dette fik Barnabiterne til at oprette en forening, som i 1744 blev ophøjet til et broderskab (Confraternita) og i 1839 til et Ærkebroderskab (Arciconfraternita) for dyrkelse af "La Vergine della Divina Provvidenza, Ausiliatrice dei cristiani".

For enden af kirkerummet ligger Presbyteriet hævet et par trin bag en buet marmorbalustrade. Også rummets bageste del udgøres af en halvcirkel, så Pesbyteriet nærmest danner en fuld cirkel, hvori selve alterbordet er opstillet i den bageste halvcirkel, der er dækket med marmorplader i forskellige gyldne nuancer udsmykket med søjler og nicher med statuer. Altertavlen midt i denne apsis er indsat mellem 2 rækker dobbelte brune søjler, der bærer et brudt, buet gavlfelt med endnu en høj opsats under et trekantet gavlfelt. Øverst oppe udgør apsisloftet en halvkuppel med en fresko af Giovanni Lanfranco.

Presbyteriet blev bygget i perioden 1637-1646, altså senere end resten af Kirken. Da det nye rum var ved at stå færdigt, overdrog Barnabiterne arbejdet med at udsmykke den øverste del heraf med fresker til Giovanni Lanfranco. På buen, der spænder over den første del af Presbyteriet, malede han i midten "de 3 Teologiske Dyder", flankeret af 4 kardinaldyder i sort-hvid, så de fremstår som relieffer. Ud for vinduerne er der trekantede felter med englebørn, der bærer San Carlo Borromeo's motto "humilitas". Denne brede maleri-frise flankeres af 2 smallere friser med kassetter med forgyldte roser mellem malerier af små englebørn.

Fresken i apsiskuplen forestiller San Carlo Borromeo, der modtages i Himmelen ("San Carlo Borromeo accolto in cielo"). Dette var den sidste fresko, som Lanfranco udførte inden sin død i 1647.

Apsisdekorationen i marmor blev ændret under en ombygning i 1800-tallet, hvor de store nicher med gipsstatuerne af San Paolo (til højre, udført af Adamo Tadolini) og San Pietro (til venstre, udført af Giuseppe de Fabris) blev opsat. Statuerne stammer oprindeligt fra trappen op til Peterskirken. Ovenover disse blev lavet de runde rammer med malerier af i højre side: Sant'Alessandro Sauli, der var Ordensgeneral, og i venstre side: San Franceso di Sales, der var beskytter af Barnabiterne. Disse malerier er udført af Ercole Ruspi

Højalterets udformning overlod Barnabiterne i 1637 til Colonna-familien efter at man i første omgang havde opsat et maleri af Gaspare Celio som altertavle. Dette var man imidlertid ikke tilfreds med og det blev derfor allerede i 1622 erstattet af et andet maleri forestillende "San Carlo Borromeo adora il Santo Chiodo" ("San Carlo Borromeo tilbeder den hellige nagle") af Andrea Commodi. Dette maleri findes idag i rummet bag alteret.

Højalteret er tegnet af Martino Longhi den Yngre og opført mellem 1643 og 1651. Over det brudte, buede gavlfelt, der bæres af dobbelte porfyrsøjler og omkranser et englebarn med guirlander, sidder statuer af dyderne Håbet og Barmhjertigheden. Disse kan også læses som symboliserende "Kærligheden mod Gud" (til højre) og "Kærligheden mod din næste" (til venstre). De er udført af Orfeo Boselli i perioden 1643-1651. Mellem disse er der en plade med mottoet "humilitas" mellem 2 små engle, der trækker et gardin til side. Disse er ligeledes lavet af Boselli i marmor og derefter støbt i bronze af Pasquale Pasqualini. Over denne scene afsluttes alteret af et trekantet gavlfelt indeholdende et englehovede. På hver side af en stage, der ender i et kors oppe under kuplen, sidder endnu en lille engel.

Altertavlen er malet af Pietro da Cortona i 1667 og forestiller "San Carlo Borromeo porta il chiodo agli appestati" ("San Carlo Borremeo bringer den hellige nagle til de pestramte i Milano").

I gulvet foran alteret ligger nogle gravsten. Den midterste viser våbnet for den milanesiske Kardinal Flaminio Piatti, der startede helgenkåringsprocessen for San Carlo Borromeo. Kardinalen er dog begravet i Kirken Il Gesù.

I højre side af Presbyteriet er der adgang til et lille siderum samt til et bag apsis liggende mindre rum, hvortil der også er adgang fra venstre side af Presbyteriet. Disse rum blev bygget til i 1685 efter tegning af arkitekten Carlo Fontana og senere udvidet af Virginio Vespignani.

I rummet til venstre kan man se den fresko af San Carlo Borromeo i bøn, malet af Guido Reni omkring 1613, som oprindeligt havde sin plads på Kirkens facade, hvor der idag er opsat en kopi. Fresken blev flyttet indenfor i 1651. I rummet ses desuden det tidligere højaltermaleri "San Carlo Borromeo adora il Santo Chiodo" ("San Carlo Borromeo tilbeder den hellige nagle") (også omtalt som "San Carlo in preghiera durante la peste di Milano") af Andrea Commodi. Et andet maleri, som muligvis stammer fra den gamle Kirke San Biagio dell'Anello og som tidligere hang i San Carlo ai Catinari i Cappella di San Biagio (2.kapel i højre side), forestiller "Il Miracolo di San Biagio". Det er malet af en ukendt kunstner i slutningen af 1500-tallet. Et maleri med en korsfæstelsesscene er en kopi af et maleri af Siciolante, som findes i San Giovanni in Laterano. En "Madonna i bøn" er fra sent i 1600-tallet.

Til venstre for Presbyteriet ligger en lille mellemgang med i højre side adgang til det gamle Sakristi, som blev bygget i 1600-tallet. I det ottekantede rum fra 1650 står et stort skab i nøddetræ, som stammer fra 1690 ligesom vievandskarret. På den venstre væg hænger et maleri af Cavalier d'Arpino; "Ecce Homo" fra 1598. På alteret ses et krucifiks i bronze, udført af Alessandro Algardi. Loftsmaleriet er en fresko med motivet "Maria's Himmelfart" ("L'Assunzione della Madonna") af en ukendt kunstner. Over døren ind til det næste kapel hænger et maleri af en ukendt kunstner fra det sene 1700-tal: " San Paolo ispirato dal cielo scrive le lettere" ("San Paolo skriver sine epistler med himmelsk inspiration").

Det tredie kapel i venstre side er Cappella Filonardi, som i 1635 blev overdraget til Ærkebiskop Mario Filonardi af Avignon. Kapellet er tegnet af Paolo Maruscelli og det er viet til "I Santi Martiri Persiani", "de hellige persiske martyrer". Familien Filonardi's våben med ørnen og egetræet ses flere steder i udsmykningen af kassetteloftet i farvet og forgyldt stuk. På den højre væg hænger et maleri af Giovan Francesco Romanelli forestillende de persiske matyrer Marta, Mario, Audiface og Abaco. Dette maleri var oprindeligt brugt som Kapellets altertavle. I midten står alteret foran den nuværende altertavle, der viser Barnabiter-Ordenens grundlægger Sant'Antonio Maria Zaccaria, som blev helgenkåret i 1897. Den er malet af Virginio Monti omkring 1900 og opsat mellem kraftige søjler af brunt og hvidt marmor med korinthiske kapitæler. De halvcirkelformede felter over døre og alteret blev i 1641 udsmykket med fresker af Giacinto Gemignani. Motiverne er hentet fra martyrernes historie.

Det andet kapel i venstre side, Cappella di Sant'Anna, er ligesom det modsvarende kapel i højre side meget bredere end nabokapellerne. Det blev udsmykket i 1634 og viet til Sant'Anna efter Kardinal Leni's udtrykkelige ønske. Det tøndehvælvede loft er bemalet med 2 fresker af Francesco Coghetti, som her viser "Sposalizio di Sant'Anna e San Gioacchino" ("Sant'Anna og San Gioacchino's bryllup") og "Presentazione di Maria al Tempio" ("Maria fremføres i Templet"). Alteret er opbygget under en stor bue, hvor 2 slanke, sorte søjler med korinthiske kapitæler bærer et trekantet, brudt gavlfelt, der danner ramme om en firkantet tavle med et lille maleri af 2 engle, der bærer en krone. Rammen om tavlen afsluttes af et halvcirkelformet gavlfelt med et kors på toppen. På væggen bagved ses 2 engle, som trækker et gardin væk - dette maleri skal være af Francesco Trevisani. Altertavlen af Andrea Sacchi, som er fra 1645-1649 og forestiller "La Morte di Sant'Anna" ("Sant'Anna's død"), regnes for et af hans vigtigste værker.

På gulvet foran Kapellet ligger en gravsten fra 1591 for Kardinal Ippolito De Rossi, som var den første Kardinal ved den gamle Kirke San Biagio dell'Anello, hvis virke Barnabiterne overtog og overførte til San Carlo ai Catinari.

Det første kapel i venstre side er Cappella di San Paolo, også kaldet Cappella Cavallerini, da det i 1739 blev indrettet af denne familie, som lod arkitekten Mauro Fontana stå for arbejdet. Stukarbejderne er udført af Agostini Corsini og Giuseppe Lironi. På højre væg ses over døren maleriet "San Paolo predica agli Ateniesi" (Paulus prædiker for Athenienserne"). Det er malet i 1740 af Filippo Mandelli, der også er mester for maleriet på venstre væg forestillende "San Paolo che riceve la visita di Anania" (Paulus får besøg af Ananias"). Motivet på altertavlen, der er indrammet i en tynd guldramme og flankeret af slanke grønne søjler med korinthiske kapitæler, er "Sant'Andrea Sauli presso San Paolo". Maleriet er udført af Giuseppe Ranucci i 1700-tallet. Også dette alter har i tidens løb haft flere altertavler, oprindeligt vist nok et maleri af Giacomo Rocca og Cavalier d'Arpino forestillende den halshuggede Paulus, og senere et billede af Paulus' omvendelse, som er gået tabt idag. Midt på gulvet ligger en gravsten for Kardinal Gianiacopo Cavallerini med familievåbenet i mangefarvet marmor.

I kapellets venstre side ligger det lille Dåbskapel, som blev udsmykket med fresker af Andrea Georgini i 1840. Døbefonten stammer fra 1700-tallet.

Kirkens indgangsvæg er opdelt i 3 felter af brede, flade, høje søjler med korinthiske kapitæler. I hver side er der en sidedør under 2 rektangulære rammer, der indholder: nederst en fresko, øverst en marmorintarsia i gyldne farver. Freskerne er ifølge nye arkivfund fra 1652 og udført af henholdsvis Mattia Preti og dennes bror Gregorio Preti. Til højre (set fra kirkerummet og altså tættest på det venstre sideskib) har Gregorio Preti malet "San Carlo incarica il barnabita Domenico Boerio di combattere l'eresia nei Grigioni". Til venstre er motivet, som Mattia Preti har malet, "La carità di San Carlo Borromeo durante la peste di Milano".

Det midterste brede vægfelt rummer den store indgangsdør og over denne en indskriftstavle til minde om restaureringen i 1800-tallet under pave Pius IX. Tavlen erstatter en tidligere fra 1638, som Kardinal Leni havde ladet opsætte. Over tavlen hænger mellem de kraftige korinthiske kapitæler, som bærer en bred frise og flere smalle gesimser, Barnabiter-Ordenens våbenskjold, der består af 3 høje under et kors mellem bogstaverne P og A for Paulus Apostolus, samt et sværd og en palmegren samlet i et kryds over højene.

Oven for gesimserne er midterpladsen i den øverste bue optaget af et stort vindue. På hver side heraf er lunetterne bemalet med motiverne "Decollazione di San Paolo" og "La consegna delle chiavi a San Pietro". Begge malet i 1860 af Francesco Coghetti.

I Klosteret, hvortil der er adgang gennem porten til venstre for Kirkefacaden, er der en mødesal, "Sala delle conferenze", hvor man se malerier fra slutningen af 1700-tallet: i loftet "Daniele nella fossa dei leoni" ("Daniel i løvekulen"), på endevæggen "Cena ad Emmaus" ("Middagen i Emmaus"), mens man i koret ovenover Klosteret kan se fresker fra omkring 1680, hvor Giacinto Calandrucci har malet "de teologiske dyder" og engle i lunetterne, Kardinaldyderne i runde rammer båret af engle, samt evangelisterne i andre rammer. Desuden en "San Paolo al terzo cielo" ("San Paolo i den tredie himmel") som loftsmaleri. Over dørene ses portrætter af helgener tilhørende Barnabiter-Ordenen, disse er malet af Ercole Ruspi i 1855.